繪制Alpha多樣性線箱圖 繪圖和統計全部為R語言,建議復制代碼,在Rstuido中運行,並設置工作目錄為存儲之前分析結果文件的result目錄 # 運行前,請在Rstudio中菜單欄選擇“Session - Set work directory -- Choose ...
箱線圖 箱形圖 Box plot 又稱為盒須圖 盒式圖或箱線圖,是一種用作 顯示一組數據分散情況資料的統計圖。因形狀如箱子而得名。在宏基因組領域,常用於展示樣品組中各樣品Alpha多樣性的分布 第一種情況,最大或最小值沒有超過 . 倍箱體范圍 第二種情況,最大或最小值超過 . 倍箱體范圍,外位延長線外,即異常值 outliers Alpha多樣性 知識背景:Alpha多樣性計算方法 常見的豐度估 ...
2017-08-01 21:48 0 2262 推薦指數:
繪制Alpha多樣性線箱圖 繪圖和統計全部為R語言,建議復制代碼,在Rstuido中運行,並設置工作目錄為存儲之前分析結果文件的result目錄 # 運行前,請在Rstudio中菜單欄選擇“Session - Set work directory -- Choose ...
散點圖 數據點在直角坐標系平面上的分布圖。在宏基因組領域,散點圖常用於展示樣品組間的Beta多樣性,常用的分析方法有主成分分析(PCA),主坐標軸分析(PCoA/MDS)和限制條件的主坐標軸分析(CPCoA/CCA/RDA)。 Beta ...
曼哈頓圖 Manhattan Plot 曼哈頓圖本質上是一個散點圖,用於顯示大量非零大范圍波動數值,最早應用於全基因組關聯分析(GWAS)研究展示高度相關位點。它得名源於樣式與曼 ...
熱圖是使用顏色來展示數值矩陣的圖形。通常還會結合行、列的聚類分析,以表達實驗數據多方面的結果。 熱圖在生物學領域應用廣泛,尤其在高通量測序的結果展示中很流行,如樣品-基因表達,樣 ...
火山圖 Volcano plot 在統計學上,火山圖是一種類型的散點圖,被用於在大數據中快速鑒定變化。由於它的形成像火山噴發的樣子,所以被稱為火山圖。和上文講的曼哈頓圖類 ...
工具,使用方便。 詳見“輕松繪制各種Venn圖” 韋恩圖在擴增子中 ...
網絡圖 Network 網絡圖雖然給人高大上的感覺,但是由於信息太多,無法給讀者提供讀有效的可讀信息或是讀者不知道該理解什么,總是讓人望爾卻步。那是因為大家太不了解網絡,自己讀不懂網絡想表達的意思及其重要性。 因此我要舉一個網絡分析重要 ...
三元圖/三元相圖 Ternary Plot 三元圖有6種英文叫法,其中ternary plot最為常用。三元圖是重心圖的一種,它有三個變量,但需要三者總和為恆定值。在一個 ...