原文:擴增子圖表解讀1箱線圖:Alpha多樣性

箱線圖 箱形圖 Box plot 又稱為盒須圖 盒式圖或箱線圖,是一種用作 顯示一組數據分散情況資料的統計圖。因形狀如箱子而得名。在宏基因組領域,常用於展示樣品組中各樣品Alpha多樣性的分布 第一種情況,最大或最小值沒有超過 . 倍箱體范圍 第二種情況,最大或最小值超過 . 倍箱體范圍,外位延長線外,即異常值 outliers Alpha多樣性 知識背景:Alpha多樣性計算方法 常見的豐度估 ...

2017-08-01 21:48 0 2262 推薦指數:

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擴增子統計繪圖1線圖Alpha多樣性

繪制Alpha多樣性圖 繪圖和統計全部為R語言,建議復制代碼,在Rstuido中運行,並設置工作目錄為存儲之前分析結果文件的result目錄 # 運行前,請在Rstudio中菜單欄選擇“Session - Set work directory -- Choose ...

Thu Aug 24 05:54:00 CST 2017 0 1260
擴增子圖表解讀4曼哈頓圖:差異分類級別Taxonomy

曼哈頓圖 Manhattan Plot 曼哈頓圖本質上是一個散點圖,用於顯示大量非零大范圍波動數值,最早應用於全基因組關聯分析(GWAS)研究展示高度相關位點。它得名源於樣式與曼 ...

Thu Aug 03 08:09:00 CST 2017 0 6180
擴增子圖表解讀3熱圖:差異菌、OTU及功能

熱圖是使用顏色來展示數值矩陣的圖形。通常還會結合行、列的聚類分析,以表達實驗數據多方面的結果。 熱圖在生物學領域應用廣泛,尤其在高通量測序的結果展示中很流行,如樣品-基因表達,樣 ...

Thu Aug 03 07:25:00 CST 2017 0 4263
擴增子圖表解讀5火山圖:差異OTU的數量及變化規律

火山圖 Volcano plot 在統計學上,火山圖是一種類型的散點圖,被用於在大數據中快速鑒定變化。由於它的形成像火山噴發的樣子,所以被稱為火山圖。和上文講的曼哈頓圖類 ...

Thu Aug 03 08:10:00 CST 2017 0 1999
擴增子圖表解讀8網絡圖:節點OTU或類Venn比較

網絡圖 Network 網絡圖雖然給人高大上的感覺,但是由於信息太多,無法給讀者提供讀有效的可讀信息或是讀者不知道該理解什么,總是讓人望爾卻步。那是因為大家太不了解網絡,自己讀不懂網絡想表達的意思及其重要。 因此我要舉一個網絡分析重要 ...

Thu Aug 03 08:12:00 CST 2017 0 2144
擴增子圖解讀7三元圖

三元圖/三元相圖 Ternary Plot 三元圖有6種英文叫法,其中ternary plot最為常用。三元圖是重心圖的一種,它有三個變量,但需要三者總和為恆定值。在一個 ...

Thu Aug 03 08:11:00 CST 2017 0 3622
 
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