原文:用Annovar注釋非人類基因組,如小鼠mm9

annovar一般只包含人類基因組注釋數據庫,其他的物種如小鼠需要自己進行建立注釋信息。 第一步:下載annovar軟件上Annovar官網下載 http: annovar.openbioinformatics.org en latest user guide download ,現在要郵件注冊后才能下載。郵件注冊后會給你最新版軟件下載地址,下載后文件為annovar.latest.tar.gz。 ...

2017-07-03 21:19 0 1576 推薦指數:

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人類基因組概況--整理

人類基因組概況:             人類基因組由ATCG四種鹼基組成,但是CG的含量低於50%,所以CG含量低於AT含量。         一個基因組的dna大約3ug。   snp:     平均每100到1000個鹼基會出現1個SNPs,不過密度並不 ...

Thu Mar 26 15:18:00 CST 2020 0 1514
HGNC 數據庫-人類基因組數據庫

HGNC 全稱為HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委員會,負責對人類基因組上包括蛋白編碼基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在內的所有基因提供一個唯一的,標准的,可以廣泛傳播的symbol; 數據庫的主頁為 http ...

Mon May 15 18:39:00 CST 2017 0 7893
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
人類線粒體基因組簡介

線粒體基因組是一個環狀的雙鏈DNA分子,包括輕鏈 L 和 重鏈 H, 其基因結構在哺乳動物中保守, 以human 線粒體為例, 人類線粒體基因組全長 16,596 bp , 共有13個編碼蛋白的基因,根據編碼的蛋白可以分成3類: 共有22種tRNA的基因 2種 ...

Wed Jun 28 01:39:00 CST 2017 0 8083
基因組注釋】ncRNA注釋

目錄 1. ncRNA 2. 軟件 tRNA注釋 rRNA注釋 其他ncRNA注釋 3. 注釋 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等結果的統計 ...

Mon Oct 11 20:11:00 CST 2021 1 2029
SNPEFF snp注釋 (添加自己基因組)

之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
annovar 注釋人類以外的SNP

1. 准備文件: ref.fa ref.gtf或者gff3,最好是gtf3,可將gff3轉化為gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred與gtfToGen ...

Tue Sep 03 20:06:00 CST 2019 0 358
 
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