人類基因組概況: 人類基因組由ATCG四種鹼基組成,但是CG的含量低於50%,所以CG含量低於AT含量。 一個基因組的dna大約3ug。 snp: 平均每100到1000個鹼基會出現1個SNPs,不過密度並不 ...
annovar一般只包含人類基因組注釋數據庫,其他的物種如小鼠需要自己進行建立注釋信息。 第一步:下載annovar軟件上Annovar官網下載 http: annovar.openbioinformatics.org en latest user guide download ,現在要郵件注冊后才能下載。郵件注冊后會給你最新版軟件下載地址,下載后文件為annovar.latest.tar.gz。 ...
2017-07-03 21:19 0 1576 推薦指數:
人類基因組概況: 人類基因組由ATCG四種鹼基組成,但是CG的含量低於50%,所以CG含量低於AT含量。 一個基因組的dna大約3ug。 snp: 平均每100到1000個鹼基會出現1個SNPs,不過密度並不 ...
的關系,以人類基因組為例: 在NCBI中,對於不同的拼裝版本,以NCBI Build Number ...
HGNC 全稱為HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委員會,負責對人類基因組上包括蛋白編碼基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在內的所有基因提供一個唯一的,標准的,可以廣泛傳播的symbol; 數據庫的主頁為 http ...
基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...
線粒體基因組是一個環狀的雙鏈DNA分子,包括輕鏈 L 和 重鏈 H, 其基因結構在哺乳動物中保守, 以human 線粒體為例, 人類線粒體基因組全長 16,596 bp , 共有13個編碼蛋白的基因,根據編碼的蛋白可以分成3類: 共有22種tRNA的基因 2種 ...
目錄 1. ncRNA 2. 軟件 tRNA注釋 rRNA注釋 其他ncRNA注釋 3. 注釋 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等結果的統計 ...
之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...
1. 准備文件: ref.fa ref.gtf或者gff3,最好是gtf3,可將gff3轉化為gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred與gtfToGen ...