原文:chip-seq數據分析中peak-calling軟件-------MACS的安裝

.下載MACS軟件安裝包 作者的系統為Ubuntu 網址鏈接:http: liulab.dfci.harvard.edu MACS .解壓文件: tar zxvf MACS .tar.gz .更改文件夾的名字 個人習慣 mv MACS . MACS .進入到MACS軟件包 cd MACS .利用超級權限進行安裝 這樣做的話,好像不用自己再添加環境變量 sudo python setup.py i ...

2017-06-13 10:55 0 1616 推薦指數:

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ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 數據分析流程

補充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,雖然可以完成任務,但是數據量一多,批次多起來,就非常難管理。 既然別人提供了這么好的流程,那就要用起來,管理起來不是一般的輕松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安裝比較麻煩,沒有針對local的一鍵安裝 ...

Tue Dec 10 17:57:00 CST 2019 0 1272
homer進行motif分析 ChIP-seq

http://homer.salk.edu/homer/ 【怪毛匠子-整理】 使用HOMER分析CLIP-SEQ數據 24 5 2月 2013 | 程序員 Tags: 生物信息學 · 軟件 HOMER是一個使用perl和C寫成的motif分析工具。之前在分析clip-seq分析時 ...

Thu Dec 27 05:00:00 CST 2018 0 2710
Seq數據分析流程RNA

文章目錄 RNA-seq 數據分析流程 相關軟件安裝 下載數據 sra轉fastq格式 數據質控 數據質控,過濾低質量reads,去接頭 比對 ...

Wed Jul 07 02:14:00 CST 2021 0 216
ChIP-seq流程結果文件解讀

接前面文章:ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 數據分析流程 前面已經把pipeline跑完了,但是關於結果的解讀還是不清楚,這里來深入探討一下。 復習: pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC ...

Fri Jun 18 04:21:00 CST 2021 0 305
ChIP-seq技術介紹|易基因

大家好,這里是專注表觀組學十余年,多組學科研服務領跑者的易基因。 染色質免疫沉淀后測序(ChIP seq)是一種針對DNA結合蛋白、組蛋白修飾或核小體的全基因組分析技術。由於二代測序技術的巨大進步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪聲和更大的覆蓋范圍 ...

Thu Mar 24 23:50:00 CST 2022 0 829
[Linux] 非root安裝Lefse軟件及其數據分析

說明 Lefse軟件是宏組學物種研究常用軟件,一般大家用在線版本即可。但要搭建在Linux集群環境中有點煩,記錄一下折騰過程。 安裝 這個軟件是python2寫的,因此假設我已經安裝好了較高版本的python2以及pip等工具,在此基礎上來安裝lefse。 lefse下載地址:https ...

Mon Sep 30 05:09:00 CST 2019 0 424
表觀 | Enhancer | ChIP-seq | 轉錄因子 | 數據庫專題

需要長期更新! 參考:生信修煉手冊 enhancer的基本概念: 長度幾十到幾千bp,作用是提高靶基因活性,屬於順式作用原件,DNA作用到DNA,轉錄因子就是反式,是結合到DNA的蛋白。 1981年,Benerji發現SV40某個140bp的序列可以顯著提高血紅蛋白融合基因的表達 ...

Thu May 23 08:11:00 CST 2019 0 1817
 
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