參考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny ...
Uniprot 數據庫是收錄信息最全面的蛋白質數據庫,包含swissport, uniparc, TrEMBL 個子數據庫 其中swiss prot 是手工核對過的 ,非冗余, 有詳細注釋信息的蛋白數據庫,也是最常用的數據庫 該數據庫收錄了不同物種的蛋白信息,以人類為例, 數據庫中可以看到如下的信息: http: www.uniprot.org uniprot query amp fil orga ...
2017-05-15 10:53 0 4360 推薦指數:
參考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny ...
Uniprot數據庫是Universal Protein的英文縮寫,是信息最豐富、資源最廣的蛋白質數據庫。 UniprotKB由兩部分組成: UniProtKB/Swiss-Prot 高質量的、手工注釋的、非冗余的數據集,這些數據都是由質量保證 ...
由於蛋白質組學的發展,使得蛋白質數據庫也日益豐富,數據庫的專一性及綜合性均增強,而且,通過超文本的鏈接,可以使多個數據庫進行相互的銜接。目前,關於蛋白質的結構,蛋白質質譜等數據庫均較多,今天就來講講使用頻率最高且冗余度最低的uniprot數據庫。 拿到蛋白質組學鑒定結果后,看懂數據庫 ...
UniProt數據庫: UniProt數據庫界面 structure 找有小分子共結晶的結構,方便做對接生成對接盒子 UniProt跳轉到PDB 3D Report;Full Report 3D Report:NMR解析出來的有多個構象,把這些構象當成動力學模擬 ...
宏蛋白質組數據分析相對較難,不同於常規蛋白質組分析,因為數據庫太大,無法直接進行搜庫匹配,需要對數據庫進行優化。整理了幾個發表的宏蛋白搜庫分析工具。具體效果如何,還需要測試。 1.ProteoStorm 發表:ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics ...
缺失值填充在數據分析領域的預處理過程繞不過去的一個坎,蛋白質組學也不例外,簡單記錄下,可能有些地方有其特殊之處。 分析缺失值來源:完全隨機缺失(MCAR,如質譜儀抖動,對數據影響無偏好性,均一分布),隨機缺失(MAR,依賴於其他觀測變量,如時間梯度越長采集越可能出現缺失值),非隨機缺失 ...
當前,關於高通量蛋白質組學的研究遠不如NGS這般火熱,網上關於這方面的知識也寥寥無幾,從事這一行也有一段時間了,但還沒好好總結過。加之過段時間可能要去做培訓,所以是時候把知識點總結一下,權當復習。當然整個蛋白質組學研究也算紛繁復雜,不可能面面俱到,而且很多東西我也在學習當中,肯定會出現不少紕漏 ...
一、數據庫的基本概念 1.1 使用數據庫的必要性 使用數據庫可以高效且條理分明地存儲數據,使人們能夠更加迅速、方便地管理數據。 數據庫具有以下特點。(高效存儲數據,方便管理數據) 可以結構化存儲大量的數據信息,方便用戶進行有效的檢索和訪問。(存儲數據信息,檢索和訪問 ...