在數據分析中,經常需要下載物種的參考基因組序列,這時有很多數據庫可以選擇,比如NCBI, Ensembl, UCSC這三個通用的數據庫,或者該物種特有的數據庫, 比如模式生物擬南芥等有專門的數據庫。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中對於同一個物種,編號不統一,在這里整理一下它們之間 ...
HGNC 全稱為HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委員會,負責對人類基因組上包括蛋白編碼基因, 基因,甲基因和其他基因在內的所有基因提供一個唯一的,標准的,可以廣泛傳播的symbol 數據庫的主頁為 http: www.genenames.org 對於每個 的基因來說,在 數據庫中會有一個數字標識的唯一 , 也會有一個唯一的 , 數據庫提供了 ...
2017-05-15 10:39 0 7893 推薦指數:
在數據分析中,經常需要下載物種的參考基因組序列,這時有很多數據庫可以選擇,比如NCBI, Ensembl, UCSC這三個通用的數據庫,或者該物種特有的數據庫, 比如模式生物擬南芥等有專門的數據庫。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中對於同一個物種,編號不統一,在這里整理一下它們之間 ...
人類基因組概況: 人類基因組由ATCG四種鹼基組成,但是CG的含量低於50%,所以CG含量低於AT含量。 一個基因組的dna大約3ug。 snp: 平均每100到1000個鹼基會出現1個SNPs,不過密度並不 ...
植物基因組數據庫:1、NCBI中的genome,直接下載NCBI上的基因組文件 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 2、植物基因組數據庫(包含約30個左右的植物,具體查看:) 30個左右植物基因組對應列表 下載 http ...
annovar一般只包含人類基因組注釋數據庫,其他的物種如小鼠需要自己進行建立注釋信息。 第一步:下載annovar軟件上Annovar官網下載(http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/),現在要郵件 ...
/DataSlicer 假定要尋找“6:133098746-133108745”這段距離的SNP數據,“6”表示 ...
RNA-seq 測序可以用於融合基因的發現,在過去的十幾年里,RNA-seq 測序數據不斷增加,發現的融合基因的數據也不斷增加; FusionCancer 是一個人類癌症相關的融合基因的數據庫,利用NCBI SRA數據庫中的RNA-seq 數據,采用tophat-fusion ...
2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)雜志上,在線公布了一個可搜索微生物次生代謝物合成基因組簇的綜合性數據庫antiSMASH數據庫 4.0版,前3版年均引用250次,累計引物1600+;可實現基因組與基因組之間的相關天然產物合成基因簇的查詢和預測 ...
首先,進入千人基因組數據庫的網站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/ 如下圖所示,在數據庫的框框里輸入我們感興趣的SNP,比如rs608139 搜索后出現如下界面,黃色區域是我們感興趣的SNP,紅色框框 ...