二代測序技術比較: 公司 平台名稱 測序方法 檢測方法 讀長(bp) 優點 相對局限性 羅氏/454 基因組測序儀 ...
HWUSI EAS R: : : : GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT HWUSI EAS R: : : : . CCF gt gt gt gt gt gt CCCCCCC 其中第一行以 開頭,后面是 reads 的 ID 以及其他信息,例如上例中 HWUSI EAS R 代表 Illmina 設備名稱, 代表 ...
2017-05-09 16:38 0 1564 推薦指數:
二代測序技術比較: 公司 平台名稱 測序方法 檢測方法 讀長(bp) 優點 相對局限性 羅氏/454 基因組測序儀 ...
原文:http://www.biostars.org/p/53528/ This tutorial also serves as the supporting information for Lec ...
fastQ格式 FASTQ是一種存儲了生物序列(通常是核酸序列)以及相應的質量評價的文本格式. 他們都是以ASCII編碼的。現在幾乎是高通量測序的標准格式。NCBI Short Read Archive也是這格式,多了一些描述性詞匯而已。 基本格式 包含四行,第一行由'@'開始,后面 ...
轉自:https://zhuanlan.zhihu.com/p/20702684 1.基本概念 flowcell 是指Illumina測序時,測序反應發生的位置,1個flowcell含有8條lane lane 每一個flowcell上都有8條泳道,用於測序反應,可以添加試劑,洗脫 ...
1.利用Linux命令:awk 2.用法如下: awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事項: fastq文件必須是解壓格式 ...
為什么二代測序的原始數據中會出現Read重復現象? 要搞清楚這個read重復(duplicate)的問題,我想我們需要從NGS數據的產出過程說起,具體來說如下: 基因組DNA提取; DNA隨機打斷,最常用的是超聲打斷; 對被打 ...
項目數據: kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R1_001.fastq.gz (100X)(19G) kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R2_001.fastq.gz (100X)(20G ...