原文:二代測序的fastq文件格式介紹

HWUSI EAS R: : : : GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT HWUSI EAS R: : : : . CCF gt gt gt gt gt gt CCCCCCC 其中第一行以 開頭,后面是 reads 的 ID 以及其他信息,例如上例中 HWUSI EAS R 代表 Illmina 設備名稱, 代表 ...

2017-05-09 16:38 0 1564 推薦指數:

查看詳情

二代測序技術總結

二代測序技術比較: 公司 平台名稱 測序方法 檢測方法 讀長(bp) 優點 相對局限性 羅氏/454 基因組測序儀 ...

Sat Nov 03 18:36:00 CST 2018 0 1620
二代測序---質量控制篇

原文:http://www.biostars.org/p/53528/ This tutorial also serves as the supporting information for Lec ...

Tue Mar 18 16:50:00 CST 2014 0 2622
文件格式——fastq格式

fastQ格式 FASTQ是一種存儲了生物序列(通常是核酸序列)以及相應的質量評價的文本格式. 他們都是以ASCII編碼的。現在幾乎是高通量測序的標准格式。NCBI Short Read Archive也是這格式,多了一些描述性詞匯而已。 基本格式 包含四行,第一行由'@'開始,后面 ...

Wed May 03 19:36:00 CST 2017 0 1266
生信學習-二代測序知乎專欄總結[轉]

轉自:https://zhuanlan.zhihu.com/p/20702684 1.基本概念 flowcell 是指Illumina測序時,測序反應發生的位置,1個flowcell含有8條lane lane 每一個flowcell上都有8條泳道,用於測序反應,可以添加試劑,洗脫 ...

Fri Oct 12 06:56:00 CST 2018 0 1753
FASTQ 文件格式轉換為 FASTA 格式

1.利用Linux命令:awk 2.用法如下: awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事項: fastq文件必須是解壓格式 ...

Sat Sep 23 01:10:00 CST 2017 0 4317
為什么二代測序的原始數據中會出現Read重復現象?

為什么二代測序的原始數據中會出現Read重復現象? 要搞清楚這個read重復(duplicate)的問題,我想我們需要從NGS數據的產出過程說起,具體來說如下: 基因組DNA提取; DNA隨機打斷,最常用的是超聲打斷; 對被打 ...

Fri Oct 19 04:49:00 CST 2018 0 1829
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM