二代測序技術比較：
| 公司 |
平台名稱 |
測序方法 |
檢測方法 |
讀長（bp） |
優點 |
相對局限性 |
| 羅氏/454 |
基因組測序儀FLX系統 |
焦磷酸測序法 |
光學 |
230-400 |
二代測序中讀長最長；比一代測序通量要大 |
樣品制備較難；難於處理重復和同種鹼基多聚區域；試劑沖洗帶來錯誤累積；儀器昂貴； |
| Illumina |
HiSeq2000(4000)/Miseq |
SBS |
熒光/光學
|
2x(150-300) |
很高測序通量； |
儀器昂貴；用於書記胡刪節和分析的費用很高 |
| ABL/SOLiD |
5500x|SOLID系統 |
連接測序法 |
熒光/光學 |
25-35 |
高通量測序，二代測序平台中，拼接人類基因組的試劑成本最低 |
測序運行時間長；讀長短，造成成本高，數據分析、拼接困難；儀器昂貴 |
| Life Technology |
PGM/Proton |
SBS |
以離子敏感場效應晶體管驗測PH值變化 |
100-200 |
對核酸鹼基的參入可直接測定；在自然條件下進行DNA合成(不需使用修飾過的鹼基) |
一步步洗脫過程導致錯誤累積；閱讀高重復和同種多聚序列時有潛在困難 |
| Complete Genomics |
Blackbird |
cPAL |
熒光/光學 |
100 |
通量高；成本低；單測序步驟獨立，使錯誤累積最低 |
低讀長；模板制備妨礙長重復序列區域測序；樣品制備費事 |