將基因組數據分類並寫出文件，python，awk，R data.table速度PK
由於基因組數據過大，想進一步用R語言處理擔心系統內存不夠，因此想着將文件按染色體拆分，發現python，awk，R 語言都能夠非常簡單快捷的實現，那么速度是否有差距呢，因此在跑幾個50G的大文件之前，先用了244MB的數據對各個腳本進行測試，並且將其速度進行對比。 首先是awk處理 ...
原文：R語言基因組數據分析可能會用到的data.table函數整理
版權聲明：本文為博主原創文章，轉載請注明出處 R語言data.table包是自帶包data.frame的升級版，用於數據框格式數據的處理，最大的特點快。包括兩個方面，一方面是寫的快，代碼簡潔，只要一行命令就可以完成諸多任務，另一方面是處理快，內部處理的步驟進行了程序上的優化，使用多線程，甚至很多函數是使用C寫的，大大加快數據運行速度。因此，在對大數據處理上，使用data.table無疑具有極高的 ...
2017-03-24 21:56 0 6474 推薦指數：
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