原文:limma package計算差異表達

test.txt:文件格式: gene TCGA M AB A R A TCGA M AB A R A TCGA B A TK A R A D TCGA B A TN A R A P A LD A M AADACL AADAT pheno.txt文件格式: TCGA M AB A R A aTCGA M AB A R A bTCGA B A TK A R A D bTCGA B A TN A R ...

2017-03-17 09:35 0 2025 推薦指數:

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用“limma”進行差異表達分析

1.概述 矩陣 函數 表達矩陣 lmFit 分組矩陣 eBayes 差異比較矩陣 topTable 2.讀取表達矩陣: 得到表達 ...

Mon Mar 09 22:45:00 CST 2020 0 697
R語言——limma包進行多組差異表達分析

目錄 1. 加載表達矩陣 2. 創建樣本分類表 3. 加載limma包,構建如下矩陣 4. 規定哪一組數據與哪一組數據比較 5. 獲取差異表達數據 6. 導出差異表達數據 1. 加載表達矩陣 2. 創建樣本分類表 獲得類似 ...

Sun Mar 07 07:50:00 CST 2021 0 1681
簡單使用limma差異分析

簡單使用limma差異分析 Posted: 五月 12, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 首先需要說明的是,limma是一個非常全面的用於分析芯片以及RNA-Seq的差異分析,按照其文章所說: limma ...

Sat Nov 10 05:34:00 CST 2018 0 713
RNA-seq中的基因表達計算表達差異分析

RNA-seq中的基因表達計算表達差異分析 差異分析的步驟:1)比對;2) read count計算;3) read count的歸一化;4)差異表達分析; 背景知識:1)比對:普通比對: BWA,SOAP開大GAP比對:Tophat(Bowtie2);2) Read count(多重比對 ...

Tue Nov 13 18:50:00 CST 2018 0 5028
差異表達分析之FDR

差異表達分析之FDR 隨着測序成本的不斷降低,轉錄組測序分析已逐漸成為一種很常用的分析手段。但對於轉錄組分析當中的一些概念,很多人還不是很清楚。今天,小編就來談談在轉錄組分析中,經常會遇到的一個概念FDR,那什么是FDR?為什么要用FDR呢?一起來學習吧! 什么是FDR ...

Wed Nov 07 06:42:00 CST 2018 0 1757
轉錄組差異表達分析小實戰(二)

轉錄組差異表達分析小實戰(二) Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差異基因表達分析 我按照前面的流程轉錄組差異表達分析小實戰(一),將小鼠的4個樣本又重新跑了一遍,從而獲得一個新 ...

Sat Nov 10 05:35:00 CST 2018 0 2917
 
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