原文:構建NCBI本地BLAST數據庫 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast構建索引 | makeblastdb

如何下載NCBI blast數據庫 有哪些可供下載的blast數據庫 blast如何使用 blast構建索引 makeblastdb makeblastdb in mature.fa input type fasta dbtype nucl title miRBase parse seqids out miRBase logfile File Name in 后接輸入文件,你要格式化的fasta ...

2017-02-21 18:38 0 25098 推薦指數:

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ncbi-blast 本地安裝

詳見:http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系統中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初學者(最好還是懂得基本的linux使用),高手可直接忽視。不介紹Windows系統中的安裝方法 ...

Mon Aug 15 17:18:00 CST 2016 0 2572
blast 數據庫說明

Peptide Sequence Databases蛋白序列的數據庫 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF所有非冗余的的GenBank CDS區 ...

Fri Feb 24 21:44:00 CST 2017 0 1481
NR/NT,Taxonomy和RefSeq——三種NCBI常見數據庫

速來圍觀!——三種NCBI常見數據庫 在微生物測序分析中,常常需要對未知的核酸或蛋白序列進行物種,功能或類別注釋。注釋方法種類較多,其中最常用的是與一些標准數據庫進行相似性搜索,也就是序列比對。因此,數據庫的優劣對注釋結果至關重要。本期小編為大家帶來的是NCBI上的三個重要的數據庫 ...

Wed Sep 23 09:00:00 CST 2020 0 2682
Linux版blast配置自己的數據庫

,但是我需要用自己的FASTA文件搭建數據庫 搭建數據庫 創建數據庫文件 移動要構建數據庫的F ...

Thu Sep 03 00:32:00 CST 2020 0 561
比對軟件BlastBlast+,Diamond比較

1. Blast (1)格式化數據庫 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要參數: -i 輸入需要格式化的源數據庫名稱 -p 文件類型,是核苷酸序列數據庫(F - nucleotide)/蛋白質序列數據庫(T – protein ...

Thu Feb 28 06:15:00 CST 2019 0 2266
blast 本地安裝和使用教程

基本局部比對搜索工具 (BLAST) 可查找兩個序列之間具有局部相似性的區域。該程序將核苷酸或蛋白質序列與序列數據庫進行比較,並計算匹配的統計顯着性。BLAST 可用於推斷序列之間的功能和進化關系,以及幫助識別基因家族的成員。 下載與安裝 下載地址:https ...

Mon May 31 18:12:00 CST 2021 0 1586
BLAST+中makeblastdb參數詳解

以后打算工作中用到的相關BLAST操作全部用BLAST+來完成 與以前的Blast相以,我們還是從格式化數據庫到比對開始 一般我們是有一個fasta文件用來格式化數據庫,以前的命令是formatdb,現在是makeblastdb 一般用到的格式如下: makeblastdb ...

Mon Aug 07 00:14:00 CST 2017 0 1670
數據庫索引使用方法

mysql索引 使用索引是提高數據庫查詢效率的主要方式,下面從索引結構,索引類型,索引操作,命中索引幾個方面來介紹索引。 一、索引結構 mysql5.5以上的默認存儲引擎innodb,只顯式支持BTree( 事實上從數據結構上來講是B+樹,mysql稱之為BTree ...

Sun May 17 00:51:00 CST 2020 0 810
 
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