Linux版blast配置自己的數據庫

環境

1. 阿里雲ECS服務器
2. 系統：Ubuntu 20.04
3. 已經搭建好blast服務(如果還沒搭建，可以參考我的博客:https://www.cnblogs.com/Coder-Photographer/p/13602442.html)

很多人都是選擇NCBI等網站的數據搭建，但是我需要用自己的FASTA文件搭建數據庫

搭建數據庫

創建數據庫文件

mkdir bio-db

移動要構建數據庫的FASTA文件到文件

cp xxxxx.fasta  bio-db
# 切換到bio-db 文件夾
cd bio-db

輸入命令來構建

# 更多makeblastdb命令，請用 makeblastdb -h 查詢，這里只是舉例
makeblastdb -in  你的fasta文件 -dbtype 數據庫類型   
例如
makeblastdb -in ./fasta_files/EPI_ISL_468719.fasta  -dbtype nucl
結果如下圖所示

測試

選取一個新的fasta文件測試

blastn -query 新的fasta文件 -db 數據庫存放的位置 -out 輸出的結果文件名 -outfmt 輸出格式
例如
blastn -query XXXX.fasta -db /root/bio-db/id_no_short_seqs.fas -out firstExample.txt -outfmt 6

如果 outfmt的參數是6

從左到右各列參數為
Query_id    Subject_id   %_identity alignment_length   mismatches   gap_openings  q. start  q. end   s. start   s. end   e-value  bit_score

輸出結果

注：本博客基於官網文檔和B站UP主的視頻完成 XiongdyMishika

在此也對UP主：XiongdyMishika 感謝！