統計 fasta 文件序列長度及 GC 含量
注：該腳本適用於序列不斷開的情況 可用一下命令將折行的序列合並為一行 運行腳本 升級版，輸入文件是 fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件， 用 python 的內置函數 count() 的計算速度更快。 ...
原文：統計 fastq 文件 q20 , GC 含量的軟件
二代測序的分析過程中，經常需要統計原始下機數據的數據量，看數據量是否符合要求 另外還需要統計q ,q ,GC含量等反應測序質量的指標 在kseq.h 的基礎上稍加改造，就可以實現從fastq 文件中統計這些指標的功能，而且速度非常的快 源代碼保存為 parse.c , 然后編譯 gcc o fastq stat parse.c lz ...
2017-02-14 14:56 6 2483 推薦指數：
相關推薦
測序中Q20 Q30 Q40
你能給別人講清楚這個概念嗎？ 二代測序中，每測一個鹼基會給出一個相應的質量值，這個質量值是衡量測序准確度的。鹼基的質量值13，錯誤率為5%，20的錯誤率為1%，30的錯誤率為0.1%。行業中Q20與Q30則表示質量值≧20或30的鹼基所占百分比。例如一共測了1G的數據量，其中有0.9G的鹼基 ...
使用FastqCount統計fastq文件基本信息？
Reads Total Bases N Bases Q20 Q30 GC 2. ...
統計鹼基數目、GC含量、read數、最長的read、最短的read及平均read長度
# 用於fasta格式文件的鹼基數目和GC含量的統計 grep -v '>' input.fa| perl -ne '{$count_A=$count_A+($_=~tr/A//);$count_T=$count_T+($_=~tr/T//);$count_G=$count_G+ ...
文件格式——fastq格式
fastQ格式 FASTQ是一種存儲了生物序列（通常是核酸序列）以及相應的質量評價的文本格式. 他們都是以ASCII編碼的。現在幾乎是高通量測序的標准格式。NCBI Short Read Archive也是這格式，多了一些描述性詞匯而已。 基本格式 包含四行，第一行由'@'開始，后面 ...
FASTQ 數據質量統計工具
主流工具： FastQC fqcheck readfq 拿到測序數據的第一步就是做質量控制 fqcheck之后得到的結果： 它會統計每條reads，按read 1-100位點計算每個位置的ACGTN含量，以及0-41質量值的個數 最終會得到整體的錯誤率，GC，Q20 ...
二代測序的fastq文件格式介紹
@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT ...
【Python小試】判斷一條序列GC含量高低
題目： 隨便給定一條序列，如果GC含量超過65%，則認為高。 編程： 測試 解析 Python提供了__future__模塊，把下一個新版本的特性導入到當前版本，於是我們就可以在當前版本中測試一些新版本的特性。 主要解決python2版本中和python3不同的一些問題 ...