過濾 SOAPnuke:華大自主開發的一款針對fastq文件的過濾軟件。 HTSeq-count:一款用於reads計數的輕便軟件,作者介紹說可以用於多種mapping軟件的輸出結果,而我則用於t ...
數據庫 ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high throughput sequencing data. 基因組變異數據的功能注釋,人重必用 KEGG:a database resource for understanding high level functions and utilities of the biol ...
2017-02-13 12:56 0 4764 推薦指數:
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生物信息數據庫 搜遍全網都找不到一個開發生物信息數據庫的教程。 其實有些數據庫的工作量並不大,只是把線下的一些分析結果上傳到服務器上,供用戶搜索而已。 網站上可視化的對象只有兩個:表格和圖片。 一些稍微復雜的結果就是network,這個有現成的插件可以實現,比較簡單。 開發流程 ...
常用 SQL Server 規范集錦 來源:靜逸 鏈接:www.cnblogs.com/liyunhua/p/4534442.html 常見的字段類型選擇 1.字符類型建議采用varchar/nvarchar ...
想系統的學習生信數據庫可以先看一下北大的公開課,有一章專門講的數據庫與軟件: 一個優秀的生信開發者能夠解決如下問題: 如何鑒定一個重要的且沒有被解決的生物學問題? 如何將該問題轉化為一個可計算的問題? 如何提出一個解決此問題的算法? 如何實現該算 ...
NCBI(National Center for Biotechnology Information,美國國家生物技術信息中心)除了維護GenBank核酸序列數據庫外,還提供數據分析和檢索資源。NCBI資源包括Entrez、Entrez編程組件、MyNCBI、PubMed、PudMed ...
生物數據庫 生物數據庫是收集自科學實驗、出版文獻、高通量實驗技術和計算分析等生命科學信息庫,它包含來自基因組學、蛋白質組學、代謝組學、微陣列基因表達和系統發育學等領域的信息。 生物數據庫大致可分為序列、結構和功能數據庫。序列數據庫儲存核酸和蛋白質序列;結構數據庫儲存 ...
序列相關 密碼子表達優化:Jcat 核酸翻譯為蛋白:Translate 序列比對和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比對的作圖 ...
生物信息學分析在線軟件集錦 序列相關 密碼子表達優化:Jcat 核酸翻譯為蛋白:Translate 序列比對和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比對的作圖 ...