原文:全基因組關聯分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)流程

全基因組關聯分析流程: 一 准備plink文件 准備PED文件 PED文件至少有六列,內容如下: Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex male female other unknown Phenotype missing missing unaffected affected genotype , , , or A,C,G,T ...

2016-11-23 21:47 7 14460 推薦指數:

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Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-基因組復雜性狀分析

GCTA(基因組復雜性狀分析)工具開發目的是針對復雜性狀的基因組關聯分析,評估SNP解釋的表型方差所占的比例(該網站地址:http://cnsgenomics.com/software/gcta/)。目前GCTA工具可實現以下功能: 1 評估基因組SNP的親緣關系(遺傳關系) 2 評估 ...

Sat Oct 22 06:03:00 CST 2016 0 1416
GWAS基因組關聯分析

出處:bilibili 關聯分析Association):在交易數據、關系數據或其他信息載體中 ...

Sun Jun 13 23:55:00 CST 2021 0 4672
基因組關聯分析GWAS)的計算原理

前言 關於基因組關聯分析GWAS)原理的資料,網上有很多。 這也是我寫了這么多GWAS的軟件教程,卻從來沒有寫過GWAS計算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可愛提問能否寫一下GWAS的計算原理。我一順口就答應了。 后面一直很懶,不願意動筆,但想着既然答應了,不寫說不過去。 我寫 ...

Wed Oct 23 02:49:00 CST 2019 0 1269
基因組關聯分析GWAS):為何我的QQ圖那么飄

前段時間有位小可愛問我,為什么她的QQ圖特別飄,如果你不理解怎樣算飄,請看下圖: 理想的QQ圖應該是這樣的: 我當時的第一反應是:1)群體分層造成的;2)表型分布有問題。因此讓她檢查一下數據 ...

Sun Jun 30 03:54:00 CST 2019 0 1568
基因組關聯分析 (GWAS) - 簡介

基因組關聯分析 (GWAS) - 簡介 在碩士就讀期間,就已經做過 GWAS 相關的分析。當時標記量非常少, windows 系統分析就足夠了,作圖方面涉及的腳本也基本是蔡師兄幫寫的。后來,隨着高通量測序成本的降低,標記數量越來越多,不得不進入 linux 和 腳本操作的時代 ...

Sat Mar 05 01:33:00 CST 2022 0 2302
一行命令學會基因組關聯分析(GWAS)的meta分析

為什么需要做meta分析 群體分層是GWAS研究中一個比較常見的假陽性來源. 也就是說,如果數據存在群體分層,卻不加以控制,那么很容易得到一堆假陽性位點。 當群體出現分層時,常規手段就是將分層的群體獨立分析,最后再做meta分析。 1.如何判斷群體是否分層 先用plink計算PCA ...

Fri May 24 00:09:00 CST 2019 0 1472
基因組關聯分析GWAS)掃不出信號怎么辦(文獻解讀)

假如你的GWAS結果出現如下圖的時候,怎么辦呢?GWAS沒有如預期般的掃出完美的顯著信號,也就沒法繼續發揮后續研究的套路了。 最近,nature發表了一篇文獻“Common genetic variants contribute to risk of rare severe ...

Mon Dec 24 22:46:00 CST 2018 0 661
 
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