最近對於數據傳輸的噪音損耗問題的解決方案查了些資料 就此做一個總結: 數據損壞 因為網線被老鼠啃了或者硬盤摔地上了導致數據錯了 關於數據損壞的問題其實不限於網絡傳輸方 ...
單分子測序reads PB 的混合糾錯和denovo組裝 我們廣泛使用的PBcR的原始文章就是這一篇 原文鏈接:Hybrid error correction and de novo assembly of single molecule sequencing reads 簡介:PBcR里面有一種自糾算法 PacBioToCA ,糾錯的核心本質就是多重序列比對,為了加快比對速度使用了MHAP算法 ...
2016-11-15 23:38 0 1500 推薦指數:
最近對於數據傳輸的噪音損耗問題的解決方案查了些資料 就此做一個總結: 數據損壞 因為網線被老鼠啃了或者硬盤摔地上了導致數據錯了 關於數據損壞的問題其實不限於網絡傳輸方 ...
ECC的全稱是Error Checking and Correction,是一種用於Nand的差錯檢測和修正算法。如果操作時序和電路穩定性不存在問題的話,NAND Flash出錯的時候一般不會造成整個Block或是Page不能讀取或是全部出錯,而是整個Page(例如512Bytes)中只有一個 ...
目錄 1. 主要糾錯類型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries 2. 其他有用操作 撤銷與反撤銷 移到邊角料 ...
生物信息學原理作業第四彈:DNA序列組裝(貪婪算法) 原理:生物信息學(孫嘯) 大致思想: 1. 找到權值最大的邊; 2. 除去以最大權值邊的起始頂點為起始頂點的邊; 3. 除去以最大權值邊為終點為終點的邊; 4. 重復上述步驟,得到所有 ...
因組序列組裝算法研究(CNKI) 對基因組組裝算法的分析和研究(CNKI) 基於De Bruij ...
目錄 1.常用HiC掛載軟件 2. Juice_box手工糾錯 1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC 張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開發。如果是復雜基因組,肯定是首選。對於簡單基因組,我跑了下,結果不佳。提了issue,張老師特意開發 ...
用Li Heng開發的Minimap+miniasm進行組裝,然后用racon+pilon進行糾錯。 三代測序拼裝軟件,三代測序平台 Nanopore / Pacbio 產生的數據的一個共同點就是,讀長長,錯誤率高,在用於分析之前需要對數據進行特殊處理(consensus,糾錯),再進行拼裝任務 ...
BK樹或者稱為Burkhard-Keller樹,是一種基於樹的數據結構,被設計於快速查找近似字符串匹配,比方說拼寫糾錯,或模糊查找,當搜索”aeek”時能返回”seek”和”peek”。 本文首先剖析了基本原理,並在后面給出了Java源碼實現。 BK樹在1973年由Burkhard ...