原文:PBcR - 糾錯及組裝算法

單分子測序reads PB 的混合糾錯和denovo組裝 我們廣泛使用的PBcR的原始文章就是這一篇 原文鏈接:Hybrid error correction and de novo assembly of single molecule sequencing reads 簡介:PBcR里面有一種自糾算法 PacBioToCA ,糾錯的核心本質就是多重序列比對,為了加快比對速度使用了MHAP算法 ...

2016-11-15 23:38 0 1500 推薦指數:

查看詳情

關於數據校驗糾錯算法

最近對於數據傳輸的噪音損耗問題的解決方案查了些資料 就此做一個總結:   數據損壞     因為網線被老鼠啃了或者硬盤摔地上了導致數據錯了     關於數據損壞的問題其實不限於網絡傳輸方 ...

Mon Aug 19 07:52:00 CST 2019 0 570
ECC糾錯算法

ECC的全稱是Error Checking and Correction,是一種用於Nand的差錯檢測和修正算法。如果操作時序和電路穩定性不存在問題的話,NAND Flash出錯的時候一般不會造成整個Block或是Page不能讀取或是全部出錯,而是整個Page(例如512Bytes)中只有一個 ...

Wed Apr 22 21:38:00 CST 2020 0 1576
DNA序列組裝(貪婪算法

生物信息學原理作業第四彈:DNA序列組裝(貪婪算法) 原理:生物信息學(孫嘯) 大致思想:       1. 找到權值最大的邊;       2. 除去以最大權值邊的起始頂點為起始頂點的邊;       3. 除去以最大權值邊為終點為終點的邊;       4. 重復上述步驟,得到所有 ...

Tue Dec 05 05:33:00 CST 2017 4 1428
基因組組裝算法

因組序列組裝算法研究(CNKI) 對基因組組裝算法的分析和研究(CNKI) 基於De Bruij ...

Thu Jun 16 18:38:00 CST 2016 0 16483
【基因組組裝】HiC掛載軟件以及如何用Juice_box手工糾錯

目錄 1.常用HiC掛載軟件 2. Juice_box手工糾錯 1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC 張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開發。如果是復雜基因組,肯定是首選。對於簡單基因組,我跑了下,結果不佳。提了issue,張老師特意開發 ...

Mon Mar 29 07:18:00 CST 2021 0 1036
三代基因組consensus:Minimap+miniasm組裝,racon+pilon糾錯

用Li Heng開發的Minimap+miniasm進行組裝,然后用racon+pilon進行糾錯。 三代測序拼裝軟件,三代測序平台 Nanopore / Pacbio 產生的數據的一個共同點就是,讀長長,錯誤率高,在用於分析之前需要對數據進行特殊處理(consensus,糾錯),再進行拼裝任務 ...

Wed Oct 30 17:36:00 CST 2019 0 895
拼寫糾錯的利器,BK樹算法

BK樹或者稱為Burkhard-Keller樹,是一種基於樹的數據結構,被設計於快速查找近似字符串匹配,比方說拼寫糾錯,或模糊查找,當搜索”aeek”時能返回”seek”和”peek”。 本文首先剖析了基本原理,並在后面給出了Java源碼實現。 BK樹在1973年由Burkhard ...

Wed Jul 27 05:02:00 CST 2016 1 5415
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM