首先,進入千人基因組數據庫的網站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/ 如下圖所示,在數據庫的框框里輸入我們感興趣的SNP,比如rs608139 搜索后出現如下界面,黃色區域是我們感興趣的SNP,紅色框框 ...
下載vcf文件: 方法一:進入ftp: ftp. genomes.ebi.ac.uk vol ftp release ,直接下載相應染色體的vcf 方法二:進入http: grch .ensembl.org Homo sapiens Tools DataSlicer 假定要尋找 : 這段距離的SNP數據, 表示 號染色體,后面的數據表示距離。 按下圖所示操作: 點擊 run ,進入如下界面后,再點 ...
2016-09-08 17:07 6 4331 推薦指數:
首先,進入千人基因組數據庫的網站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/ 如下圖所示,在數據庫的框框里輸入我們感興趣的SNP,比如rs608139 搜索后出現如下界面,黃色區域是我們感興趣的SNP,紅色框框 ...
植物基因組數據庫:1、NCBI中的genome,直接下載NCBI上的基因組文件 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 2、植物基因組數據庫(包含約30個左右的植物,具體查看:) 30個左右植物基因組對應列表 下載 http ...
進入鏈接:http://www.internationalgenome.org/data-portal/sample 點擊“filter by population”,在彈出的選擇框里,選擇想要下載的population,比如CHB。然后再點擊“download the list” 下載后 ...
之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...
本文關於如何在 NCBI 的 FTP 里下載需要的基因組數據。 已知信息 例如:我從文獻里看到作者測了 Escherichia coli ATCC 25922 的基因組,想從NCBI下載。 原文提供的信息是: This Whole Genome Shotgun ...
在數據分析中,經常需要下載物種的參考基因組序列,這時有很多數據庫可以選擇,比如NCBI, Ensembl, UCSC這三個通用的數據庫,或者該物種特有的數據庫, 比如模式生物擬南芥等有專門的數據庫。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中對於同一個物種,編號不統一,在這里整理一下它們之間 ...
HGNC 全稱為HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委員會,負責對人類基因組上包括蛋白編碼基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在內的所有基因提供一個唯一的,標准的,可以廣泛傳播的symbol; 數據庫的主頁為 http ...
2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)雜志上,在線公布了一個可搜索微生物次生代謝物合成基因組簇的綜合性數據庫antiSMASH數據庫 4.0版,前3版年均引用250次,累計引物1600+;可實現基因組與基因組之間的相關天然產物合成基因簇的查詢和預測 ...