自從第一代測序技術Sanger測序發明以來,使得人們可以不斷在單鹼基水平研究各物種的基因組序列。由於Sanger測序價格昂貴,測序通量低等劣勢,2005年左右二代測序相繼被開發出來,極大地降低了測序的價格和提升了測序的通量。現在測一個人的基因組序列,只需不到1000美元。 測序 ...
Step : Run varscan on normal tumor mpileup and make copy number call.java jar varscan copynumber normal tumor mpileup outputFile mpileup p value . min coverage min map qual min base qual data ratio Ca ...
2016-07-28 11:44 0 1495 推薦指數:
自從第一代測序技術Sanger測序發明以來,使得人們可以不斷在單鹼基水平研究各物種的基因組序列。由於Sanger測序價格昂貴,測序通量低等劣勢,2005年左右二代測序相繼被開發出來,極大地降低了測序的價格和提升了測序的通量。現在測一個人的基因組序列,只需不到1000美元。 測序 ...
目錄 1.安裝 2.測試 3.動植物群體檢測CNV 知名的拷貝數變異分析工具幾乎都是為人類變異檢測開發,對於動植物重測序分析有些尷尬。不過好在植物群體研究不必那么精細,用同樣的工具也可做分析。 地址:https://github.com ...
DNA拷貝數變異CNV檢測——基礎概念篇 一、CNV 簡介 拷貝數異常(copy number variations, CNVs)是屬於基因組結構變異(structural variation),根據大小可分為兩個層次:顯 微水平 ...
一、CNV 簡介 拷貝數異常(copy number variations, CNVs)是屬於基因組結構變異(structural variation),根據大小可分為兩個層次:顯 微水平(microscopic)和亞顯微水平(submicroscopic)。顯微水平 ...
這是我們論壇上的一個題目:生信編程直播第一題:人類基因組的外顯子區域到底有多... 外顯子組的序列僅占全基因組序列的1%左右,但大多數與疾病相關的變異位於外顯子區。通過外顯子組測序可鑒定約8萬個變異,全基因組測序可鑒定300萬個變異,因此與全基因組測序相比,外顯子組測序不僅費用較低,數據闡釋 ...
啟動子 http://baike.baidu.com/link?url=HMqaMY4mXusH--4hMu1p6P_XUzEve9lZhFGtxScnbb8Z9HaLYJ981eWxAuZt2iAP 啟動子是位於結構基因5'端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使 ...
分析帶UMI標簽的測序數據 20條回復 分析帶UMI標簽的測序數據 檢測癌組織的低頻突變,為了提高檢測低頻突變的靈敏度,往往進行高深度的測序。但樣本之間存在交叉污染,測序有存在一定概率的錯誤,這些因素會導致高深度測序過程中將假陽性的信號放到,得到假陽性的結果。解決交叉污染 ...
)的種類及基於基因組測序數據的鑒定方法。 因為結構變異是造成物種表型差異的一個重要原因,且與各類疾病,特別 ...