原文:用FastQC檢查高通量測序原始數據的質量

本篇文章,主要參考了陽光 的博文 http: www.dxy.cn bbs topic ,自己測序的分析結果作為對比,加在其中了。 .簡介 當二代測序的原始數據拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的質量。常用的工具就是fastqc http: www.bioinformatics.babraham.ac.uk projects fastqc 。 fastqc的詳細使用說明:http: ...

2015-12-26 20:09 0 6985 推薦指數:

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FastQC 測序質量

文章轉載於 Original 2017-07-06 Jolvii 生信百科 介紹一下如何理解 FastQC 各模塊的結果 FastQC 的使用 FastQC的安裝介紹請看這里。FastQC 支持 fastq、gzip 壓縮的 fastq、SAM、BAM 等格式,在不指定文件 ...

Sun Jul 16 06:05:00 CST 2017 0 1384
測序總結,高通量測序名詞

測序總結,高通量測序名詞 主要來自 :http://mp.weixin.qq.com/s/iTnsYajtHsbieGILGpUYgQ 測序的黃金標准:一代測序了,故稱之為黃金測序高通量測序最近這幾年很火越來越火,但是世界上更多的還是一幫天天做分子克隆 ...

Tue Oct 16 05:32:00 CST 2018 0 1199
NGS基礎 - 高通量測序原理

NGS基礎 - 高通量測序原理 原創: 贔屓 生信寶典 2017-07-23 NGS系列文章包括NGS基礎、轉錄組分析、ChIP-seq分析、DNA甲基化分析、重測序分析五部分內容。 NGS基礎系列文章包括高通量測序原理,測序數據獲取和質量評估,常見文件格式解釋和轉換 ...

Sat Oct 20 02:28:00 CST 2018 0 2435
高通量測序中的reads、contig、scaffold什么意思?

高通量測序數據分析: 高通量測序中,reads、contigs、scaffold、unigene、singleton各是什么,有什么關系? 1. 什么是read? 高通量測序時,在芯片上的每個反應,會讀出一條序列,是比較短的,叫read,它們是讀序;就是我們測序產生的短讀序列,通常一代和三代 ...

Sun Oct 11 05:24:00 CST 2020 0 2768
國內高通量基因測序公司成立 時間表

可以發現幾個規律: 14年之前的公司主營業務都是科技服務 14年之后成立的公司幾乎沒有奔着科技服務去的,行業開始分化,主要是做基因檢測、個人基因組、液體活檢; ...

Sat Jan 19 23:31:00 CST 2019 0 733
高通量測序中,read、contig和Scaffold分別是什么

1.什么是Reads? 高通量測序平台產生的序列就稱為reads。 2.什么是Contig? 拼接軟件基於reads之間的overlap區,拼接獲得的序列稱為Contig(重疊群)。 3.什么是Scaffold? 基因組de novo測序,通過reads拼接 ...

Sat Feb 20 18:23:00 CST 2021 0 277
測序數據質控-FastQC

通常我們下機得到的數據是raw reads,但是公司通常會質控一份給我們,所以到很多人手上就是clean data了。我們再次使用fastqc來進行測序數據質量查看以及結果分析。 fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq ...

Thu Jan 10 21:14:00 CST 2019 0 2076
 
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