高通量測序數據分析：
高通量測序中,reads、contigs、scaffold、unigene、singleton各是什么,有什么關系?
1. 什么是read?
高通量測序時,在芯片上的每個反應,會讀出一條序列,是比較短的,叫read,它們是讀序；就是我們測序產生的短讀序列，通常一代和三代的reads讀長在幾千到幾萬bp之間，二代的相對較短，平均是幾十到幾百bp。PE reads 就是 paired-end reads。在測序過程中，一條DNA分子的兩端都可以測序。先測其中的一端，獲得一個reads，然后再轉到另一端測序，獲得另外一個reads。得到的這兩個reads就是PE reads。PE reads 的獲得有助於后期序列組裝。
2. 什么是contig？
有很多reads通過片段重疊,能夠組裝成一個更大的片段,稱為contig，它們是（片段）重疊群；就是不同reads之間的overlap（交疊區），拼接成的序列就是contig。
3. 什么是scaffold？
多個contigs通過片段重疊,組成一個更長的scaffold，中文中有腳手架的含義；是比contig還要長的序列，獲得contig之后還需要構建paired-end或者mate-pair庫，從而獲得一定片段的兩端序列，這些序列可以確定contig的順序關系和位置關系，最后contig按照一定順序和方向組成scaffold，其中形成scaffold過程中還需要填補contig之間的空缺。基因組de novo測序，通過reads拼接獲得Contigs后，往往還需要構建454 Paired-end庫或Illumina Mate-pair庫，以獲得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）兩端的序列。基於這些序列，可以確定一些Contig之間的順序關系，這些先后順序已知的Contigs組成Scaffold。
Scaffold N50：Scaffold N50與Contig N50的定義類似.Contigs拼接組裝獲得一些不同長度的Scaffolds.將所有的Scaffold長度相加,能獲得一個Scaffold總長度.然后將所有的Scaffolds按照從長到短進行排序,如獲得Scaffold 1,Scaffold 2,Scaffold 3...………Scaffold 25.將Scaffold按照這個順序依次相加,當相加的長度達到Scaffold總長度的一半時,最后一個加上的Scaffold長度即為Scaffold N50.舉例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold總長度*1/2時,Scaffold 5的長度即為Scaffold N50.Scaffold N50可以作為基因組拼接的結果好壞的一個判斷標准.
一個contig被組成出來之后,鑒定發現它是編碼蛋白質的基因,就叫singleton；
多個contigs組裝成scaffold之后,鑒定發現它編碼蛋白質的基因,叫unigene.