【實驗目的】 1、熟悉構建分子系統發生樹的基本過程,獲得使用不同建樹方法、建樹材料和建樹參數對建樹結果影響的正確認識; 2、掌握使用Clustalx進行序列多重比對的操作方法; 3、掌握使用Phylip軟件構建系統發生樹的操作方法。 【實驗原理】 在現代分子進化研究中,根據現有生物基因 ...
多重比對序列的格式及其應用 這里對多重序列比對格式 Multiple sequence alignment MSA 進行總結。在做系統演化分析 序列功能分析 基因預測等,都需要涉及到多重序列比對。特別是當需要用不同軟件對多重比對序列進行批量操作時,會遇到各種的格式,而這些格式是如何產生的,有什么區別,格式之間如何轉換,從哪里可以下載到相關的格式序列,不同的格式又有什么特殊的用途等,本篇文章將就這些 ...
2014-08-27 18:15 0 2557 推薦指數:
【實驗目的】 1、熟悉構建分子系統發生樹的基本過程,獲得使用不同建樹方法、建樹材料和建樹參數對建樹結果影響的正確認識; 2、掌握使用Clustalx進行序列多重比對的操作方法; 3、掌握使用Phylip軟件構建系統發生樹的操作方法。 【實驗原理】 在現代分子進化研究中,根據現有生物基因 ...
[轉記]MAFFT多重序列比對圖解教程 【絮語】 一提到多重序列比對,很多人禁不住就想到ClustalW(Clustalx為ClustalW的GUI版),其實有一款多重序列比對軟件-MAFFT,不論從比對速度(Muscle>MAFFT> ...
文章轉載於 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比對(或多序列聯配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多條(3 條或以上)有系統進化關系的蛋白質或核酸序列進行比對,盡可能地把相同的鹼基或氨基酸殘基排在同一 ...
Aligning Sequences In this tutorial, we will show how to create a multiple sequence alignm ...
用blastall進行序列比對 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常強大,其下面有非常多的參數,但是一般使用的參數如:-p、-i、-d、-o、-e等幾個。 -p: 執行的程序名稱 -d: 搜索的數據庫名稱 -i : 要查詢的序列文件名(Query File ...
1.軟件的安裝: 網站:http://www.megasoftware.net/ windows上安裝,下載windows-command line(cc)版本的,格式為zip,解壓之后,里面有兩個主程序,MEGACC和MEGA-PROTO,安裝完后之后,將megacc的環境變量添加到系統 ...
目錄 目標物種和序列 相關Seq列表 多序列比對的原理和方法 相關的工具 建樹的幾種方法 實際操作 Muscle&ClustalW 可視化 ...
2021年了,從零開始幾個字可以去掉了,做了很多次服務器搭建,其實能夠叫零的之前已經是講完了。 其實應該做一個總結,但是沒有時間,后面再說吧。 本文也沒有什么內容,因為很簡單: ...