原文:RNA-seq 基本分析流程

高通量測序技術,就是二代測序,已經成為現代生物學研究的一個較為常規的實驗手段。這一技術的發展極大地推動了基因組學,表觀基因組學以及翻譯組學的研究。RNA seq 通過測定穩定狀態下的RNA樣品的序列來對RNA樣品進行研究,從而避免了許多之前研究手段的不足,比如象基因芯片或者 PCR 就需要背景知識。而且 RNA seq 還可以觸及以前無法研究的領域,比如復雜結構的轉錄體。 RNA seq可以應用於 ...

2013-02-26 18:20 2 14247 推薦指數:

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ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 數據分析流程

補充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,雖然可以完成任務,但是數據量一多,批次多起來,就非常難管理。 既然別人提供了這么好的流程,那就要用起來,管理起來不是一般的輕松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安裝比較麻煩,沒有針對local的一鍵安裝 ...

Tue Dec 10 17:57:00 CST 2019 0 1272
RNA-seq(9):功能富集分析

這部分開始進行基本的富集分析,兩類 A:差異基因富集分析(不需要表達值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不管有無差異,需要全部genes表達值 ...

Sat Dec 15 19:18:00 CST 2018 0 1543
RNA-seq簡單處理流程

RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先說明一下我做RNA-seq處理流程的文件樹格式: RNA-seq/ data ...

Sun Mar 11 02:27:00 CST 2018 0 2961
RNA-Seq分析——KEGG富集分析

入學到現在已經有小半年了,最近正好在做RNA-Seq分析,記錄一下自己的成長軌跡。 以下是我用clusterProfiler對擬南芥的差異表達基因做的kegg富集分析: # 載入需要的R包 library(clusterProfiler) # 載入我用edgeR得到的差異表達 ...

Wed Dec 18 05:58:00 CST 2019 0 1512
RNA-seq 數據的簡單分析

主要介紹如何分析RNA-seq 數據 參考文檔 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat ...

Fri Oct 09 04:56:00 CST 2015 0 11048
Bulk RNA-seq 轉錄組分析

Reference : https://cloud.tencent.com/developer/article/1703051 https://blog.csdn.net/weixin_44452 ...

Fri Nov 06 22:52:00 CST 2020 0 714
RNA-Seq分析軟件HTSeq的安裝

1.本人剛開始安裝的時候,先下載相關的軟件包,然后安裝installtion中的方法安裝, 運行的時候老是報錯。根據錯誤提示安裝解決方法。也參考了其他的筆友的一些建議, 發現特別麻煩,后來無意中 ...

Sun Sep 10 03:24:00 CST 2017 0 1324
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 隨着ome為詞尾的各種組學的出現,轉錄組學已經成為了人們了解生物信息的一個重要組成部分。人們使用了許多辦法來掌握轉錄組的情況,主要分為兩類,一類是基於雜交,一類是基於下一代測序技術 ...

Fri Oct 19 05:42:00 CST 2018 0 2871
 
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