R語言的包安裝實在令人頭大，經幾個小時的掙扎，現總結R上手推薦路線：
利用anaconda來安裝R語言及相應的IDE（這樣也可以安裝多個版本的R），RStudio是一款比較好用的R IDE。在你安裝好anaconda之后，你能找到anaconda navigator應用程序，它可以可視化你安裝的一些程序和包，里面就有R和RStudio，當然還有Jupyter notebook等。或者你也可以用命令行來安裝，新建一個conda的py環境，在py環境中像安裝包一樣安裝R和RStudio，conda install r=3.4.3等等，你可以提前conda search r看看有哪些可用的r版本。
安裝好了之后，我們要來安裝monocle這個單細胞分析利器，參考了官方的安裝步驟（http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#introduction），實在是安裝不上biocLite，於是搜能不能直接來安裝monocle，發現bioconductor直接提供了安裝方法（https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.html）
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("monocle")
遂安裝畢。接着想到做單細胞分析需要產生大量的圖（中間過程），最好使用notebook的方式來做，接着給Jupyter notebook安裝R kernel，但是搜出來的都是在R語言里面安裝的，用devtool安裝irkernel，在安裝時又需要Rtools，（***），遂放棄，解決方法就是依舊使用anaconda來安裝！
https://izoda.github.io/site/anaconda/r-jupyter-notebook/
在你當前的env中輸入最關鍵的兩行即可：
conda install r-recommended r-irkernel R -e 'IRkernel::installspec()'
遂成功。附上最終Jupyter notebook中的核兒們：
最后，問了一下某生信大佬，他建議一般都使用BiocManager::install的方式來安裝！