單細胞分析實錄(17): 非負矩陣分解(NMF)代碼演示


本次演示使用的數據來自2017年發表於Cell的頭頸鱗癌單細胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供處理好的測試數據,以及所有代碼,一共6個腳本(我目前寫得最詳細的教程,也是全網少有的)。

數據的預處理就不演示了,預處理的代碼存放在0.pre.R文件中。
以下是腫瘤細胞tsne圖和原圖的對比,和原文一致,說明前面的數據提取及處理是沒有問題的。

最終的效果圖如下:

在准備好數據之后,就可以開始NMF分析了

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