原文:單細胞分析實錄(17): 非負矩陣分解(NMF)代碼演示

本次演示使用的數據來自 年發表於Cell的頭頸鱗癌單細胞文章:Single Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供處理好的測試數據,以及所有代碼,一共 個腳本 我目前寫得最詳細的教程,也是全網少有的 。 數據的預處理就不演示了,預處 ...

2021-07-23 17:27 0 151 推薦指數:

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單細胞分析實錄(16): 矩陣分解(NMF)檢測細胞異質性

相信做過腫瘤單細胞的小伙伴對這個分析並不陌生,如果多讀幾篇文獻,就能在CNS以及大子刊上面看到這個分析矩陣分解(Nonnegative Matrix Factorization,NMF)是在矩陣中所有元素均為負數約束條件之下的矩陣分解方法。 基本思想:給定一個矩陣V, NMF ...

Sat Jun 26 04:14:00 CST 2021 0 216
推薦算法——矩陣分解(NMF)

一、矩陣分解回想 在博文推薦算法——基於矩陣分解的推薦算法中,提到了將用戶-商品矩陣進行分解。從而實現對未打分項進行打分。 矩陣分解是指將一個矩陣分解成兩個或者多個矩陣的乘積。對於上述的用戶-商品矩陣(評分矩陣),記為 Vm×n 。能夠將其分解 ...

Thu Aug 10 16:02:00 CST 2017 1 8958
文本主題模型之矩陣分解(NMF)

    在文本主題模型之潛在語義索引(LSI)中,我們講到LSI主題模型使用了奇異值分解,面臨着高維度計算量太大的問題。這里我們就介紹另一種基於矩陣分解的主題模型:矩陣分解(NMF),它同樣使用了矩陣分解,但是計算量和處理速度則比LSI快,它是怎么做到的呢? 1. 矩陣分解(NMF)概述 ...

Fri May 05 22:19:00 CST 2017 13 18336
單細胞分析實錄(2): 使用Cell Ranger得到表達矩陣

Cell Ranger是一個“傻瓜”軟件,你只需提供原始的fastq文件,它就會返回feature-barcode表達矩陣。為啥不說是gene-cell,舉個例子,cell hashing數據得到的矩陣還有tag行,而列也不能肯定就是一個cell,可能考慮到這個才不叫gene-cell矩陣吧~它是 ...

Mon Dec 28 22:12:00 CST 2020 0 1091
 
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