利用Cytoscape對STITCH基因相互作用結果按Degree進行可視化--生信之中葯研究


1. 將本研究所用到的目的基因輸入至STITCH網站(http://stitch.embl.de)進行基因間的相互作用預測。

 

2. 點擊SEARCH和CONTINUE進行基因的相互作用預測,結果如下圖。

 

3. 在文章發表時我們一般會進行其他可視化,按照基因與基因之間的連接程度大小進行nodes的顏色和大小進行可視化,因此,接下來我們需要保存STITCH結果的相互作用的TSV文件。

 

 

 4. 將TSV文件導入提前在電腦中安裝好的Cytoscape軟件,同時對導入后的文件進行Degree分析。

(1)TSV文件導入

 

(2)Degree分析

 

5. 進入Style界面,對形狀和顏色按照Degree進行展示,其他的個性化設置按這種方式進行調整。

 

 

 

分享不足的地方大家可以一起探討,相互學習。 --生信之中葯研究


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