簡單說明：
- 從2.28.0版開始，bedtools使用htslib庫支持CRAM格式
- 除了BAM文件，bedtools默認所有的輸入文件都以TAB鍵分割
- 除非使用-sorted選項，bedtools默認不支持大於512M的染色體
- 如果沒有使用-sorted參數對染色體按編碼順序進行排序（e.g., sort -k1,1 -k2,2n ），則必須使用-g參數輸入相同排序染色體
- bedtools要求染色體命名方案在比較文件中是相同的（例如‘chr1’和‘1’不能同時存在）
1 genomecov
計算基因組水平上的reads覆蓋度，可以以單個點位顯示(-d)，或者以bed格式顯示（-bg）。
在運行之前，保證
（1） 輸入的bed/vcf/gff 文件時，要對齊進行排序(sort -k1,1 -k2,2n), 且提供 -g genome 文件
（2） 輸入ban文件時，使用ibam 參數，先對bam文件進行sort，可不加-g 參數
如下
bedtools genomecov -bga -pc -ibam F_T02.sorted.bam >F_T02.frag.cov
head F_T02.frag.cov
YYchr1 0 183326 0
YYchr1 183326 183590 1
YYchr1 183590 187919 0
YYchr1 187919 188138 1
YYchr1 188138 190127 0
YYchr1 190127 190272 1
YYchr1 190272 190354 0
# -bg： 以bed文件輸入
# -bga： 如上一樣，但同時輸入覆蓋度為0的區域
以上結果中，第一列染色體，2，3列，位置區域，第4列 coverage，該區域的定義如下所示
參考
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