AlphaFold結構組成

1.背景

AlphaFold預測蛋白結構

2.github鏈接

https://github.com/Urinx/alphafold_pytorch

3.項目分析

alphafold.sh 運行alphaFold.py程序

4.結構

　　<1> replica副本 0 1 2 3 指什么？

　　<2> mode DBT是什么意思

　　　  D - Distogram, B - Background, T - Torsion

4.工具

blast：序列比對

hhblits：蛋白質序列比對工具

plmDCA:

附錄：

　　一、名詞解釋：

　　distogram 概率直方圖

　　二、指令：

　　　　1.for i in {a..d} done

　　　　　　linux的指令 for對變量進行循環賦值 done表示linux命令的結束

　　　　2.f'{protein.targets.domain_name}.distance'

　　　　　　f在字符串的引號前，表示對其規范化，可以引用變量

　　　　3.shell的命令直接使用 $可以提出變量的值

　　　　　　eg:a=15   echo $a 

　　三、報錯分析