AlphaFold结构组成


1.背景

AlphaFold预测蛋白结构

2.github链接

https://github.com/Urinx/alphafold_pytorch

3.项目分析

alphafold.sh 运行alphaFold.py程序

4.结构

  <1> replica副本 0 1 2 3 指什么?

  <2> mode DBT是什么意思

     D - Distogram, B - Background, T - Torsion

4.工具

blast:序列比对

hhblits:蛋白质序列比对工具

plmDCA:

附录:

  一、名词解释:

  distogram 概率直方图

  二、指令:

    1.for i in {a..d} done

      linux的指令 for对变量进行循环赋值 done表示linux命令的结束

    2.f'{protein.targets.domain_name}.distance'

      f在字符串的引号前,表示对其规范化,可以引用变量

    3.shell的命令直接使用 $可以提出变量的值

      eg:a=15   echo $a 

  三、报错分析 

 


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