AlphaFold2原理與使用

 1、度量准確性指標

 

1.1AlphaFold極大提高了蛋白質結構預測准確性

 

2. 原理及應用

2.1 論文介紹

 

2.2 原理

 

2.2.1 流程圖

2.2.2 搜索同源序列和模版

 

2.2.3 特征構造

 

2.2.4 特征表示

2.2.5 殘基對表示與MSA表示之間互相交換信息

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.2.6 殘基的抽象表示轉換成具體的三維空間坐標

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.2.7 計算Loss：Frame aligned point error(FAPE)

 

 

2.3 訓練的5個模型

 

3. 安裝與使用

3.1 安裝教程

這里：AlphaFold2安裝過程、在線服務器及使用體驗

3.2 本地版與官方在線版區別

 

3.3 輸入和輸出文件

 

3.4 使用Chimera可視化pLDDT

3.5 通過Colab使用AlphaFold2

 

 

 

 

3.6 比較本地版、AlphaFold DB和Colab得到的預測結構

 

 

 

 

 

參考視頻：