轉自：https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72851239
1.基本
GFF和GTF是兩種最常用的數據庫注釋格式，基因注釋文件。
GFF全稱為general feature format，這種格式主要是用來注釋基因組。
GTF全稱為gene transfer format，主要是用來對基因進行注釋，對染色體上的基因進行標注。
//我這里關注的主要是GTF文件。
2.格式
以tab鍵分割為9列：
- seq_id：染色質名稱；
- source：注釋團隊；
- type: 注釋信息的類型，比如{gene, transcript, exon, CDS, UTR, start_codon, stop_codon, Selenocysteine }
- start:該基因或轉錄本在參考序列上的起始位置
- end: 該基因或轉錄本在參考序列上的終止位置
- score: 得分，數字，是注釋信息可能性的說明
- strand: 該基因或轉錄本位於參考序列的正鏈(+)或負鏈(-)上;
3.讀取gtf格式文件查看
https://www.jianshu.com/p/a5a23f926931，按照這個方法讀取時遇到了問題：
嘗試用read.csv打開也失敗：
https://www.gitmemory.com/issue/kvittingseerup/IsoformSwitchAnalyzeR/83/719484994，這個鏈接中提出來的問題和我的類似，也是需要讀取到gtf文件，它的R版本是4.0.3，我的也是4.0版本的R，所以是否有可能是R版本的問題導致對應包中的函數不可用了？
https://hwoihann.github.io/farnorth/analysis/2018/03/30/R-gtf-refGenome.html，這個鏈接中提到可以使用refGenome，但是
https://cran.r-project.org/web/packages/refGenome/index.html，發現已經被移除。
使用
install.packages("refGenome") BiocManager::install("refGenome")
安裝，均不可。
可能性2：gtf文件存在問題，所以重新下載。
https://www.gencodegenes.org/mouse/，在這里下載了最新版的，並且解壓：
並且嘗試導入
library(rtracklayer)
報出以下錯誤：
https://stackoverflow.com/questions/63958678/error-in-unloadnamespacepackage-namespace-rlang-is-imported-by-testthat，搜索相似問題，其中一個回復：
之后就嘗試在命令行而不是Rstudio上操作，先卸載了這個包，然后安裝，雖然出現了這個問題：
Installation path not writeable, unable to update packages: codetools，但是嘗試不更新n所有包，之后library居然可以了，而且可以正常讀取。
之后我重啟Rstudio
.rs.restartR()
就可以讀取gtf文件了。
看來以后安裝包的操作都應該在命令行進行，而不是Rstudio。
4.查看GTF文件內容
https://www.jianshu.com/p/a5a23f926931，基序按照這個來讀取
最新版的相較於之前有了很多新的描述信息，比如基因id，基因名稱等等。共有26個特征。
附加的鍵值對信息：
轉自：https://zhuanlan.zhihu.com/p/384463036
- gene_id : ENSG(Ensembl 基因ID)
- gene_type：基因類型
- gene_name：基因名稱
-
level：feature 的注釋水平 {1, 2, 3}：level1：驗證的位點，level2：手動注釋的位點，level3：自動注釋的位點
- transcript_id ：ENST(Ensembl 轉錄本ID)
- transcript_type：轉錄本類型
- transcript_name：轉錄本名稱