工具推薦：https://github.com/openvax/gtfparse
真不敢相信，Linux自帶的命令會這么強大，從gtf中提取出需要的transcript，看起來復雜，其實一個grep就搞定了。
grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out
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gffcompare和gffread可以認為是專門開發出來用於處理gff格式文件的小工具。現在gff格式一般是用第三版gff3，以小鼠genecode上下載的gff文件為例，如下所示：
chr1 HAVANA gene 3073253 3074322 . + . ID=ENSMUSG00000102693.1;gene_id=ENSMUSG00000102693.1;gene_type=TEC;gene_name=4933401J01Rik;level=2;havana_gene=OTTMUSG00000049935.1 chr1 HAVANA transcript 3073253 3074322 . + . ID=ENSMUST00000193812.1;Parent=ENSMUSG00000102693.1;gene_id=ENSMUSG00000102693.1;transcript_id=ENSMUST00000193812.1;gene_type=TEC;gene_name=4933401J01Rik;transcript_type=TEC;transcript_name=4933401J01Rik-001;level=2;transcript_support_level=NA;tag=basic;havana_gene=OTTMUSG00000049935.1;havana_transcript=OTTMUST00000127109.1 chr1 HAVANA exon 3073253 3074322 . + . ID=exon:ENSMUST00000193812.1:1;Parent=ENSMUST00000193812.1;gene_id=ENSMUSG00000102693.1;transcript_id=ENSMUST00000193812.1;gene_type=TEC;gene_name=4933401J01Rik;transcript_type=TEC;transcript_name=4933401J01Rik-001;exon_number=1;exon_id=ENSMUSE00001343744.1;level=2;transcript_support_level=NA;tag=basic;havana_gene=OTTMUSG00000049935.1;havana_transcript=OTTMUST00000127109.1而gtf格式一般來說跟gff很相似，也是以小鼠genecode上下載的gtf文件為例，如下所示
chr1 HAVANA gene 3073253 3074322 . + . gene_id "ENSMUSG00000102693.1"; gene_type "TEC"; gene_name "4933401J01Rik"; level 2; havana_gene "OTTMUSG00000049935.1"; chr1 HAVANA transcript 3073253 3074322 . + . gene_id "ENSMUSG00000102693.1"; transcript_id "ENSMUST00000193812.1"; gene_type "TEC"; gene_name "4933401J01Rik"; transcript_type "TEC"; transcript_name "4933401J01Rik-001"; level 2; transcript_support_level "NA"; tag "basic"; havana_gene "OTTMUSG00000049935.1"; havana_transcript "OTTMUST00000127109.1"; chr1 HAVANA exon 3073253 3074322 . + . gene_id "ENSMUSG00000102693.1"; transcript_id "ENSMUST00000193812.1"; gene_type "TEC"; gene_name "4933401J01Rik"; transcript_type "TEC"; transcript_name "4933401J01Rik-001"; exon_number 1; exon_id "ENSMUSE00001343744.1"; level 2; transcript_support_level "NA"; tag "basic"; havana_gene "OTTMUSG00000049935.1"; havana_transcript "OTTMUST00000127109.1";從上可以看出，就小鼠而言，gff和gtf文件只有在最后一列，也就是attribures列有略微區別；前者名稱和值是以等號隔開，后者則是以空格隔開
因此gffcompare和gff不僅可以用來處理gff格式文件，還可以處理gtf格式文件
這兩個工具都是約翰·霍普金斯大學開發的，也是hisat2和stringtie的開發者，下載地址如下：
http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml，這個網頁不僅有下載地址，還有軟件的簡單介紹。注：下載有二進制版本的，可以不用編譯直接使用，方便。
還有這個網址也對gtf格式以及gff格式做了解釋，可以整體上了解gtf和gff的區別
gffcompare
按照官網的說法，gffcompare可以用來compare, merge, annotate and estimate accuracy of one or more GFF files，並且這個軟件是基於cuffcompare開發的，所以gffcompare很多輸入和輸出文件都與cuffcompare相同
參數通過gffcompare -h命令查看即可
以stringTie組裝並merge后的結果文件（merged.gtf）為例，參考基因組注釋文件為gencode.vM13.annotation.gtf，compare下兩者的結果並進行注釋
gffcompare -R -r gencode.vM13.annotation.gtf -o strtcmp merged.gtf輸出文件幾乎跟cuffcompare一樣，除了結果中的.combined.gtf變為.annotated.gtf，但是文件里的格式幾乎是一樣的，除了有一點，.annotated.gtf文件會保留original transcript IDs，但是.combined.gtf是沒有這一點的
對於文件每列的具體含義可以看cuffcompare官網，也可以看之前的一篇博文轉錄組的組裝Stingtie和Cufflinks
gffread
gffread這工具，官網的定義為used to generate a FASTA file with the DNA sequences for all transcripts in a GFF file，在知道這工具前，我做這個操作是自己寫的perl腳本，但是從運行效率上來說，還是這工具快。。。
比如一個很常見的需求，對於stringtie組裝后的gtf文件，想將組裝后的轉錄本的序列從對應的參考基因組上提取出來，這時就可以用gffread這工具了，還是上述的小鼠為例：
gffread -w transcripts.fa -g mm10.fa stringtie_merged.gtf查看各參數的含義gffread -h
之前使用的時候只用了這個功能，但是最近在公眾號（生信菜鳥團的一篇軟文：NGS數據格式之gff/gtf）看到gffread可以將gtf和gff格式之間進行相互轉化，所以試了下
如：gtf轉化為gff
gffread gencode.vM13.annotation.gtf -o tmp.gff3輸出文件如下：
chr1 HAVANA transcript 3073253 3074322 . + . ID=ENSMUST00000193812.1;geneID=ENSMUSG00000102693.1;gene_name=4933401J01Rik chr1 HAVANA exon 3073253 3074322 . + . Parent=ENSMUST00000193812.1從結果上可以看出，gffread輸出的是其定義后的gff3格式的文件，與輸入的相比沒有了feature為gene的行，attribures列也變得較為省略
如：gff轉化為gtf
gffread gencode.vM13.annotation.gff3 -T -o tmp.gtf輸入文件如下：
chr1 HAVANA exon 3073253 3074322 . + . transcript_id "ENSMUST00000193812.1"; gene_id "ENSMUSG00000102693.1"; gene_name "4933401J01Rik";從結果上來看，gffread定義的gtf文件變得更為省略了，並且還有做了些限制，當然這些在官網GFF utilities中有說明
綜上所述，gffcompare和gffread用處還有可以的，值得留意下