原文:(轉) gffcompare和gffread | gtf | gff3 格式文件的分析 | gtf處理 | gtfparse

工具推薦:https: github.com openvax gtfparse 真不敢相信,Linux自帶的命令會這么強大,從gtf中提取出需要的transcript,看起來復雜,其實一個grep就搞定了。 grep F f out.list gffcmp.combined.gtf gt test.out 本文出自於http: www.bioinfo scrounger.com轉載請注明出處 gf ...

2018-03-19 06:07 0 2352 推薦指數:

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gff/gtf格式

1)gff3gtf2簡介 一個物種的基因組測序完成后,需要對這些數據進行解讀,首先要先找到這些序列中轉錄起始位點、基因、外顯子、內含子等組成元件在染色體中的位置信息(即注釋)后才能再進行深入的分析gff/gtf是貯存這些注釋信息的兩種文件格式GFF(general feature ...

Sun Aug 19 00:36:00 CST 2018 0 6215
GTF/GFF文件的差異及其相互轉換

我們在做生物分析的時候,經常會碰到GFF格式文件以及GTF格式的注釋文件。他們有着相似的名字,甚至連內容都極為相似~那么,他們究竟差在哪里呢? GFF全稱為general feature format,這種格式主要是用來注釋基因組。 GTF全稱為gene transfer ...

Thu Jul 26 01:34:00 CST 2018 0 2059
gtf文件學習+讀取

自:https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72851239 1.基本 GFFGTF是兩種最常用的數據庫注釋格式,基因注釋文件GFF全稱為general feature format,這種格式主要是用來注釋基因組 ...

Wed Dec 02 06:25:00 CST 2020 0 1375
GTF文件解釋

  GTF文件的全稱是gene transfer format,主要是對染色體上的基因進行標注。怎么理解呢,其實所謂的基因名,基因座等,都只是后來人們給一段DNA序列起的名字而已,還原到細胞中就是細胞核里面的一條長長的染色體(DNA序列)。而這個GTF文件的主要功能,就是指出我們所謂的基因在染色體 ...

Thu Jul 20 22:01:00 CST 2017 0 1398
bedtools神器 | gtfbed | bed文件運算

我們生信技能書有一篇介紹bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtfbed用Linux命令完全可以實現,因為gtf每一行比較規律,不像fasta和fastq ...

Sun Mar 25 12:16:00 CST 2018 0 3738
初步了解hg19注釋文件的內容 | gtf

chrM 其實還有其他“染色體”,只是我們的研究一般用不到,所以就沒有合並進來。比如做同源分析 ...

Tue Mar 27 03:38:00 CST 2018 0 1371
關於基因組注釋文件GTF的解釋

  GTF文件的全稱是gene transfer format,主要是對染色體上的基因進行標注。怎么理解呢,其實所謂的基因名,基因座等,都只是后來人們給一段DNA序列起的名字而已,還原到細胞中就是細胞核里面的一條長長的染色體(DNA序列)。而這個GTF文件的主要功能,就是指出我們所謂的基因在染色體 ...

Tue Jun 06 18:44:00 CST 2017 0 10629
批量處理NC格式文件

方案一:使用Arcpy處理 一、使用ArcMap處理 方案二:使用python的netCDF4批量處理NC格式文件 一、使用ArcMap提取出第一期數據 1.使用工具箱中的“Make NetCDF Raster Layer”工具,提取出一個數據 可以發現該數據有正確的像元大小 ...

Mon Mar 21 22:38:00 CST 2022 0 2258
 
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