clusterProfiler

clusterProfiler也是通過KEGG API去獲取物種對應的pathway注釋，對於已有pathway注釋的物種，我們只需要知道對應的三字母縮寫， clusterProfiler就會聯網自動獲取該物種的pathway注釋信息。

 

在clusterProfiler中，enrichKEGG（KEGG通路）和enrichMKEGG（KEGG模塊）支持下載最新的在線版本的KEGG數據進行富集分析。通過將use_internal_data參數設置為TRUE，也支持使用KEGG.db，但是不建議這樣做。有了這個新特性，物種不再局限於以前版本中支持的物種，可以是KEGG數據庫中有KEGG注釋數據的任何物種。使用organism參數提供物種的學名縮寫。clusterProfiler提供search_kegg_organism()函數，幫助搜索支持的物種。

 

enrichKEGG(gene, organism = "dme", keyType = "kegg", pvalueCutoff = 0.05,
pAdjustMethod = "BH", universe, minGSSize = 10, maxGSSize = 500,
qvalueCutoff = 0.2, use_internal_data = FALSE)

 

• keyType：one of "kegg",’ncbi-geneid’,’ncib-proteinid’ and ’uniprot’
• use_internal_data=FALSE：logical, use KEGG.db or latest online KEGG data

 enrichKEGG使用在線數據速度實在是太慢了，所以可以先使用createKEGGdb生成本地KEGG.db包。

 

    install.packages("remotes")

remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb") library(createKEGGdb) create_kegg_db("dme") install.packages("KEGG.db_1.0.tar.gz",repos=NULL,type="source") library(KEGG.db)

 

 Error : (converted from warning) unable to re-encode 'create_kegg_db.R' line 139
ERROR: unable to collate and parse R files for package 'createKEGGdb'
* removing 'E:/Eprogramfiles/R/R-3.6.3/library/createKEGGdb'
Error: Failed to install 'createKEGGdb' from GitHub:

安裝 clusterProfiler：

yum  install libcurl-devel

yum install openssl
yum install openssl-devel

yum install libxml2
yum install libxml2-devel

wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/RcppArmadillo/RcppArmadillo_0.9.900.3.0.tar.gz

R CMD INSTALL -l /usr/lib64/R/library RcppArmadillo_0.9.900.3.0.tar.gz

 

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("topGO")
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")
BiocManager::install("org.Mm.eg.db")

 

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https://github.com/YuLab-SMU/createKEGGdb/issues/4

https://bioconductor.org/packages/3.10/data/annotation/src/contrib/org.Hs.eg.db_3.10.0.tar.gz

https://bioconductor.org/packages/3.10/data/annotation/src/contrib/org.Mm.eg.db_3.10.0.tar.gz