簡介
Zotero優缺點
使用Zotero作為主力文獻管理工具的原因：
- 軟件本身完全免費並且開源，不存在盜版問題
- 注冊后本身只包括 300M 空間同步，但支持 WebDAV 同步，例如 Dropbox 和堅果雲等
- 官方的反饋論壇比較活躍，有問題可以快速得到反饋
- 從網站和期刊文章等提取保存出版物數據檢索
- 拖入 PDF 的出版物數據准確率高
- 可以和 Word，LibreOffice 集成，方便文獻進一步的使用管理強大的第三方插件系統
- 每個條目下可以添加任意數量和格式的附件
使用一個工具首先要了解其上限和下限，Zotero 同樣有着比較明顯的短板：
- 因為強大所以上手時略顯復雜
- 並不是一個完全基於 Web 的工具
- 沒有內置的 PDF 閱讀工具
- 沒有適配於 iOS 和 Android 的官方應用程序
學習路徑
最權威和最新的學習資料一定是 官方文檔。不過官方文檔只有英文版，目前有針對 Zotero 4 舊版本的 中文說明，如果英文吃力可以參考。接下來將參考 博文 給出的 Zotero 的使用和學習路徑(如下圖)進行學習。
軟件與插件安裝
使用將所有文件存放至堅果雲同步文件夾的方式實現多平台同步。
Zotero安裝
從官網下載Zotero安裝包，我是Windows平台，所以選擇“Zotero 5.0 for Windows”。
下載完成后，運行exe一路下一步安裝即可，安裝完成后界面如下圖所示。
ZotFile 插件安裝
進入官網，點擊左側下載按鈕，即可下載到需要的xpi文件。下載完成后，打開Zotero，點擊“菜單欄-工具-插件”，在新彈出的“Add-ons Manager”窗口中點擊右側齒輪按鈕-選擇“Install Add-on From File”，選擇剛才下載的xpi文件，確認即可。
Zotero 設置
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安裝完ZotFile后，重啟Zotero，在Zotero中單擊“菜單欄-編輯-首選項”，進入設置。
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設置同步，首先登陸賬號
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登陸后，關閉文件同步，具體設置如下
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高級中設置數據存儲位置，默認在C盤，我調整為E盤中
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開始設置 ZotFile ，在 Zotero 中點擊“菜單欄-工具-ZotFile Preferences”，打開 ZotFile 設置窗口。
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設置General Settings。
- “source folder for attaching new files”：監測的文件夾，設置為瀏覽器下載PDF的默認存儲位置
- “location of files”：需要本地存儲PDF的位置，我這里設置在堅果雲同步文件夾下，以便同步
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設置Tablet Setting。該功能主要用於在平板或手機上查看文獻，沒有需要可以不設置。
插件安裝
插件系統是 Zotero 作為開源軟件的獨特優勢，可以通過 官方插件網站 進行查看。推薦安裝的插件包括如下幾個
Markdown Here 安裝
Markdown Here 插件可以使 Zotero 筆記支持 Markdown 語法。
安裝可參考博客Zotero導入Markdown here插件
使用時，使用Ctrl+Alt+M快捷鍵進行切換。注意，修改必須在源代碼模式而非預覽模式下進行，否則可能會出現數據丟失。
Zotero Scholar Citations
該插件可以在條目的“其它”屬性下更新文獻的 Google Scholar 引用次數。導入文獻的時候這個插件會自動更新，也可以在右鍵菜單中手動選擇更新。
在官網下載后安裝即可。
添加內容到文獻庫
使用瀏覽器插件
不同於其他工具，通過給瀏覽器安裝 Zotero 插件，可以實現檢測並保存當前網頁所需文章的功能。
Zotero 的 瀏覽器插件 稱得上可以「保存一切」。當所在的網頁呈現出不同的內容時，Zotero 的插件會呈現出不同的圖標。例如，如果在CNKI打開期刊論文，Zotero插件就會顯示期刊圖標
；如果打開碩博士論文，Zotero插件就會顯示博士帽圖標
。
若需要保存該文獻，直接點擊圖標即可。點擊后，瀏覽器右上角會彈出如下對話框。此時，無需進行任何操作，文獻即保存至默認文庫中。如果需要跳轉文獻保存的文庫位置，或者為文獻添加標簽等，可以通過該對話框進行調整。調整完成后，無需進行任何確認，修改即實時完成。
對於支持的文獻，Zotero還將下載對應的PDF，重命名后鏈接至文獻條目上，若瀏覽器頁面上顯示如下窗口即表示PDF保存成功。
如果一個網頁內有多個文獻元數據，可以檢測到選擇需要保存的一個或多個文獻。
即便是一篇博客，也可以直接保存。可以看到保存博客等網頁時，Zotero依然可以抓取摘要。
關於Zotero具體支持保存的內容，可以在“菜單欄-文件-添加條目”中查看所有支持的條目和摘要匹配格式。
使用各種標識符在應用內添加
Zotero 不僅可以使用瀏覽器插件添加條目，對於添加文獻或者書籍，如果我們知道了它對應的 ISBN，DOI 或 PubMed ID，就可以快速將條目通過標識符添加到庫中。
點擊工具欄上的“通過標識符添加條目”按鈕
，在彈出的窗口(如下圖所示)中輸入標識符后，按下回車鍵即可。如果要一次輸入多個標識符，在輸入第一個標識符后按 Shift + Enter會進入多行模式，隨后輸入其余標識符（每行一個），並通過 Enter 換行。輸入完成符后，再按 Shift + Enter 即可一次導入所有項目。
本地 PDF 文件和各種附件直接拖入應用
如果有已經下載好的 PDF 版本文獻，只要直接拖入到應用中即可，Zotero 會自動識別 PDF 文檔中的元數據。
和大多數文獻管理軟件相比，Zotero 有一個非常大的優勢就是支持將任意格式的附件添加到某個條目中，例如這里的附件可以是 Excel 格式的電子表格，可以是文獻中提到的某一個網頁地址，也可以是你自己和文獻主題相關的電子實驗記錄，甚至你還可以將文章中提到的相關代碼打包為壓縮文件后進行添加。
結合 WebDAV 的同步功能，我們還可以將這些相關資料在多個設備間進行同步，這樣就極大的方便了我們對文獻相關的各種資料進行整理
從剪貼板快速導入文獻元數據
可以將文獻數據復制到粘貼板，然后點擊快捷鍵Ctrl+Shift+Alt+I或者“菜單欄-文件-從剪貼板導入”即可。這個方法在導入中國知網的文獻數據時特別有用，只要把 EndNote 格式的數據一鍵復制到剪貼板，就可以直接導入了
從其它工具導入
Zotero 支持從多種工具的數據導入，且支持的導入格式非常豐富。例如 Mendeley 的數據庫，Endnote 的 XML 格式，以及常見的 RDF 和 RIS 格式等等。
文獻訂閱
通常，我們通過郵件訂閱或者RSS等方式追文獻，而 Zotero 本身也為我們提供了一種非常方便的方法。點擊工具欄左側的“新建文獻庫”按鈕
，選擇“新建訂閱-來自URL”，
點擊 URL 后可以將一些雜志主頁提供的 URL 地址直接添加到這里，並且進行更多高級設置，比如更新訂閱時間和刪除時間等等。
文獻和筆記管理
集合與標簽
Zotero支持“文件夾”和“標簽”兩種方式對條目進行管理。Zotero中的集合即可以理解為支持多個層級的文件夾，其層次大致為“文庫-分類-子分類……”。文庫相當於一個數據庫，分類即為一級分類，其下可以建立多級子分類，如下圖在一個分類中新建一個子分類。
除了按照目錄分類以外，可以為每個文獻添加若干個標簽。建議標簽的使用維度不和集合重合，可以考慮應用維度或者重要性維度。如使用 P1、P2 和 P3 標注文獻的重要性，使用「中期」「答辯」等標注一個文獻的用途。
每個標簽可以設置對應顏色，這個色塊也會自動顯示在每一個條目的開頭，方便查看，一目了然。
對於有關鍵字的條目，Zotero會將每個關鍵字都識別為標簽。
搜索
在 Zotero 工具類上有快捷搜索控件
，快速搜索支持如下圖所示的三種粒度。值得注意的是，通過「所有內容」進行搜索時是可以搜索到PDF文檔中的內容。
除了快速搜索以外，Zotero 中還有一種高級搜索方法。高級搜索提供比快速搜索更多更精細的篩選條件，並允許保存搜索內容方便下次使用。點擊工具類中央「高級搜索」按鈕
進入高級搜索界面，搜索支持邏輯判斷且可搜索的條目也非常之多。
排序和關聯
每個集合都支持顯示若干需要的內容並且按照某種方式進行排序，且支持二次排序。點擊標題行上的按鈕
可以設置顯示的列，在下拉菜單中選擇二次排序即可設置二次排序依據。
另外，不同的文獻之間、文獻和筆記之間都可以進行關聯。我們可以方便地將關聯性強的內容結合到一起。在右側的條目面板中切換至關聯文獻，點擊添加即可添加與當前條目關聯的文獻(可設置多個關聯文獻)。
筆記
每一篇文獻支持插入多個筆記。筆記支持的格式內容也非常豐富，例如引用和插入鏈接以及添加不同層級的標題都沒有問題，而且筆記還可以和多篇文獻進行關聯。
在條目面板中切換至筆記，點擊添加即可添加一條筆記，界面如下圖所示。
默認筆記本是富文本編輯器，不支持 markdown 語法。但因為 Zotero 的插件和 Firefox 的插件格式相同，我們只需要把 Firefox 的 markdown here 插件稍加修改打包就可以導入 Zotero 中，從而使筆記支持 markdown。具體配置見軟件與插件安裝節。插件配置好后，使用快捷鍵Ctrl+Alt+M或者點擊“菜單欄-文件-Markdown Here轉換”，即可實現Markdown文本和預覽的轉換。值得注意的是，對Markdown的修改必須在源代碼模式下進行，否則可能會發生錯誤導致內容丟失，不過好處是丟失了以后可以Ctrl+Z撤回。
生成引文和報告
使用文獻管理軟件，一個非常重要的需求就是在平時寫各種論文的過程中插入參考文獻。
在Word中插入引文
在Word中插入引文首先需要確保已安裝加載項，若未安裝請查看Word加載項安裝。
查找時，關鍵字輸入完成后再按一下空格才會開始搜索；對於中文人名，姓和名是分隔開的，只能輸入其中一種進行搜索，否則找不到結果，如“肖秀榮”，要么搜索“肖”，要么搜索“秀榮”，直接搜索“肖秀榮”多半得不到結果；找到搜索結果后，會在搜索框下方彈出一個浮動條，從中選擇一條需要引用的引文即可；如果一個地方需要插入多條引文，在一條引文輸入完成后，點擊空格，繼續查找下一條引文即可。
文章中所有引文插入完成后，在需要顯示參考文獻的地方放置光標后，點擊Zotero加載項上Add/Edit Bibliography按鈕，在此處添加參考文獻。完成后即會顯示文章中插入的所有引文。
文末三個以上英文作者后面也出現“等”的問題解決方法見：[Zotero+Word]Zotero+Word2016參考文獻中英文混排，解決et al和等的問題
快速復制
如果只是需要在自己的博客或筆記中插入一些參考文獻而不嚴格的關注引用格式，那么可以直接在Zotero中選中文獻后拖入需要插入參考文獻的地方即可。
多篇文獻右鍵多種導出
Zotero也可以實現同時輸出多篇文獻。在Zotero中選中需要引用的多篇文獻，右鍵-由所選條目生成引文目錄，在彈出的窗口中設置引文格式、輸出模式和輸出方法即可。
生成報告
除了插入參考引文之外，Zotero 還給出了另一種導出參考文獻的方式——生成報告。
報告是簡單的 HTML 頁面，概述了所選項目的項目元數據，注釋和附件。可以打印它們，也可以將它們發布到網上並通過電子郵件發送。
創建報告可以右鍵單擊中心窗格中的項目或選項，然后選擇「由所選條目生成報告」，也可以右鍵單擊左列中的集合，然后選擇「從集合生成報告」。
其他內容
協作
Zotero不止可以實現基本的文獻管理，也提供了相對完善的協作方式。如果需要和實驗室或者多人共享協作一個文獻庫，那么可以創建一個私有庫。我沒有這方面的需求，沒有詳細研究。
Tips
- 在集合列表或項目列表中的鍵盤上按 +（加號）可以展開所有節點，按 -（減號）則可以折疊
本文參考：