對於博士/科研工作者來說，文獻閱讀量當然是越大越好，特別是在研究初期。但文獻一多，如何有效的管理它就成了問題。據不完全統計，目前市面上的文獻管理軟件至少有幾十種，其中主流的有：Endnote、Mendeley、Zotero、Papers等。（我曾推送過幾篇關於文獻檢索及閱讀文獻的方法，會貼在文章的結尾處）
文獻管理軟件那么多，哪一款才是適合我的？
下面，我們就來分析一下常見的四款文獻管理軟件：
Papers
用Papers管理Papers
Papers是一款便於寫論文的PDF整理工具，它的主要功能包括文獻導入、組織、閱讀（注釋）、自動匹配參考條目，搜索、在文檔中插入引用、評點交流等。
以下圖示為Papers 3，圖源知乎
優點
◆支持很多主流文獻數據庫搜索，如arXiv，Google Scholar。
◆支持PDF抓取文獻信息，能自動識別如標題、作者、年代等信息，分類簡潔明了。
◆閱讀模式下，可以標注和筆記，並能根據文獻的重要程度進行評級。
◆支持與iPhone/iPad互聯，可以通過雲盤方式實現文獻多終端閱讀。官方推薦雲盤是Dropbox（國內無法使用），除此以外還支持：Box、Google Drive、iCloud、OneDrive、OneDrive、SugarSync、Network。
◆通過彈出窗口的模式與Word結合，可實現參考文獻插入功能。
◆可以創建Shared Collection，生成對應URL與朋友分享文獻。
缺點
◆收費。
◆幾乎無法識別中文文獻、專利文獻、專業書籍的PDF。
◆部分年代較為久遠的文獻無法識別。
◆由於國內對谷歌的封鎖，因此谷歌學術無法實現搜索。
◆分享文獻的功能在國內用起來不方便，Chrome瀏覽器無法打開應用商店，Dropbox也不是很好用。
Endnote
價格對得起出身的老牌軟件
EndNote是SCI（Thomson Scientific公司）的官方軟件，支持國際期刊的參考文獻格式3776種，寫作模板幾百種，涵蓋各個領域的雜志，提供桌面版和網絡版。如果需要編寫SCI稿件，那么采用此軟件會更方便。
優點
◆系統資源占用小，功能擴展性強，能管理的數據庫沒有上限。
◆三大優勢功能：
①提供Word插件，支持邊寫論文邊插入參考文獻並調整順序或刪除，編號也會及時更新，如分章節插入參考文獻和新建/修改參考文獻導出的格式；
②個人文獻管理很清晰，如導入PDF后，Endnote會自動獲取文獻信息並進行排版，更新題錄，有很多雜志的模板可以參考；
③內嵌多種數據庫，可在軟件內進行文獻檢索（少數數據庫需要賬戶密碼才能連接）；
◆在PDF全文顯示窗口中支持自由標記高亮字句，並可添加注釋。
◆桌面數據可同步至網絡版，更新個人數據庫比較方便。
◆雜志題錄樣式相較於其他軟件來說更齊全，存儲空間無限，並可與其他人分享題錄。
◆可以直接在軟件內搜索WOS等數據庫文獻記錄並批量下載PDF。
缺點
◆收費，網上有破解版，不過破解版的Bug比較多。
◆不支持全文搜索，且無法直接拖拽PDF文件或文件夾到軟件中。
◆PDF文件重命名最大支持40個字符，而大多時候字符都會超出。
◆如果文件名超長在備份時就會容易出現文件丟失問題，但改成短文件名則幾乎不會出現該問題。
◆幾乎沒有參考文獻記錄解析能力。
◆有Label功能，但只能在排序窗口的中間位置顯示Label結果，且不能選擇不同Tag，也不能及時在窗口顯示，需要時常保存。
◆缺少跨平台實時同步，運行不是非常流暢。
Mendeley
免費學術文獻交流平台
Mendeley是一款免費的跨平台文獻管理軟件，同時也是一個在線的學術社交網絡平台，可一鍵抓取網頁上的文獻信息添加到個人圖書館中。對比如Endnote類的傳統文獻管理軟件來說，它的顯著優勢是免費，比較適合本地操作和大量PDF的文件管理。
優點
◆免費，可跨平台管理。
◆提供MS Word和Open Office插件，方便在文字編輯器中插入和管理參考文獻。
◆免費提供各2GB的文獻存儲和100MB的共享空間。
◆支持全文搜索，可直接拖拽PDF文件或文件夾到軟件中，只要能識別PDF中的DOI，就可通過DOI在線獲取文獻的准確信息。
◆PDF文件重命名無字符數限制。
◆免費Tag功能，批量管理，支持免費雲同步，支持推薦相關參考文獻。
◆社區功能強大，適合喜歡與同行交流的人。
◆分類功能機對文獻物理存儲的自定義相對較好，可以自動提取標題及作者。
◆支持Windows，Mac，Linux。
缺點
◆不能自定義文獻類型，給文獻管理和參考文獻的插入帶來了很多麻煩。
◆開啟Word拼寫檢查功能並用Mendeley在文檔中插入很多參考文獻時，Word程序會宕機。
◆雖然Mendeley更新頻繁，但也意味着程序會變的十分不穩定，在進行某些特定操作時會崩潰。
◆文獻檢索的搜索邏輯不太人性化。
◆訪問Mendeley在線服務速度比較慢，尤其體現在：①不能方便查閱軟件使用手冊和FAQ；②與雲服務器的同步速度較慢；③不能方便地訪問Mendeley社區網站。
這里放一張Docear、Zotero、Mendeley的對比圖，補充本文未提到的另兩款文獻管理軟件。
圖源：《Comprehensive Comparison of Reference managers:Mendeley vs. Zotero Vs. Docear》
ReadCube
簡潔、統一的用戶體驗
Readcube是Labtiva公司研發的第一款軟件，作為一個文獻管理整合平台，它力求改變人們腦中固有的、傳統的文獻檢索方式。
優點
◆界面優美，功能較全，基礎版免費。
◆對於搜集到的文獻，勤於整理不會積壓：有價值的保留，無價值的舍棄，對保留的文獻建立主題屬性、文章屬性等的標簽雲。
◆支持直接拖拽PDF，且可以對在PDF內創建的批注進行檢索。
◆支持自動識別PDF文獻中最后的被引文獻，並把這個被引文獻列表放在閱讀器的右邊，當想要閱讀哪條被引文獻時，就無需來回滾動。
◆自帶搜索引擎及Pubmed、Google Scholar。
◆支持將PDF文件按照年份、期刊、作者、標題分到不同的子文件夾中。
缺點
◆Tag功能專業版才有，且和雲同步一樣要收費
◆對參考文獻的解析能力不如Mendeley
◆Readcube的PDF注釋不是嵌入PDF文件內的，不太適合喜歡對PDF加注釋的人
◆導入本地的PDF偶爾會無法准確識別，需要手動修改。
圖源：知乎，作者三生無尾
圖源網絡，出處不明
最后，由於篇幅限制，想了解更多文獻管理軟件間不同點的讀者們，可以去以下地址：
https://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software