遺傳性腫瘤簡介
- 遺傳性腫瘤綜合征：由於遺傳性原因導致的染色體和基因異常，造成系統性腫瘤患病幾率大大增加
- germline variant：存在所有細胞中
- somatic mutation：僅存在腫瘤細胞中
- 多數遺傳性腫瘤為常染色體顯性遺傳（AD遺傳）：父母的致病突變有50%概率遺傳給后代，外顯不全（攜帶不一定表現），遺傳易感性（好患某種遺傳病傾向）
- 家族聚集性：家族中多位相同或不同腫瘤患者（同類致病基因導致）
- 早發：45歲之前
- 多原發：雙側腫瘤 / 多個原發灶同一病人 / 同時多種腫瘤
- 罕見腫瘤
- 腫瘤是一種基因病，它不是突然發生的（緩慢的過程），只是突然被發現的。所以及時早篩
檢測和分析流程
- 位點檢測 VS 目標區域捕獲
- 遺傳性腫瘤基因檢測
- 產品示例
- 腫瘤基因檢測流程
遺傳解讀介於信息與遺傳咨詢之間（轉化為通俗易懂語言）
如何生成一份報告
- 遺傳腫瘤分析整體流程
①人群數據檢索
②突變類型判斷
③常用數據庫檢索
常用數據庫： - NCBI——ClinVar（單個位點詳細信息），Gene，Pubmed
- OMIM：在線人類孟德爾遺傳信息，包含了支持基因與疾病關系和疾病機理的代表性基因變異
- BIC：也比較權威，需要賬號
- HGMD：免費和商用版
- ARUP：mutation database
- LOVD：突變位點查詢
- UMD數據庫
④文獻檢索
力求找到所有文獻
SNV文獻檢索：
CNV文獻檢索：
- HGMD中查找對應CNV變異，查閱鏈接文獻
- 谷歌檢索：基因+外顯子 Del（或DUP）
文獻溯源（找到附件的原文）：
- 文件名/sheet/表格標題中的特征信息：附件自帶命名或去掉S1/T1等字樣后檢索
- 附件內容中的特征信息
- 網址中的特征信息：如附件域名，或多個附件的部分域名查詢（如去掉附件中的mmc），或用附件網址
- 利用官網
- 附件屬性中的特征信息：如附件的作者，日期等
⑤軟件預測
- 氨基酸變化預測網站：推薦HGVS（人類基因組變異協會）命名變異，使用命名工具mutalyzer對基因變異的HGVS命名進行檢驗
- 功能預測：SIFT，PolyPhen2，Mutation Taster
- 結構域查詢：uniprot
- Varsome
- InterVar
⑥匯總證據，確定變異分級
⑦確定為點，報出邏輯
⑧報告撰寫
實例
- 並不是所有的同義突變都是良性突變
- 並不是所有的烈性突變都是有害突變
- 疾病不對應
腫瘤基因組臨床應用專題：
【1】 腫瘤醫學研究前言進展
【2】腫瘤基因檢測相關技術原理
【3】腫瘤基因組數據分析方法概述
【4】腫瘤轉錄組測序分析流程及相關軟件
【5】腫瘤DNA甲基化數據分析原理及流程
【6】腫瘤胚系突變遺傳分析及數據庫使用
【7】基於NGS檢測體系變異解讀和數據庫介紹
【8】腫瘤臨床遺傳咨詢及案例分析