TOC
Meta-analysis是什么？常用的工具有哪些？
深入Meta-analysis的統計學原理
Meta-analysis實例，輸入輸出分別是什么？
Meta-analysis注意事項，模型選擇
關於Meta的在不同場景下的意思
Meta-analysis是什么？常用的工具有哪些？
就是整合分析，大概是借鑒了醫學里的meta分析，將不同的GWAS整合到一起，可以是同一個trait，也可以是幾個類似的trait，比如psychiatry底下的幾種disorders。
Meta-analysis allows for custom analyses of individual studies to conveniently account for population substructure, the presence of related individuals, study-specific covariates and many other ascertainment-related issues.
meta分析可以自定義整合多種數據，不同研究、不同群體、多種協變量的數據。
meta-analysis of summary statistics is as efficient (in terms of statistical power) as pooling individual-level data across studies, but much less cumbersome
meta分析最大的優勢是直接提升了power
兩個常用工具
two most commonly used meta-analysis software
- METAL (fixed-effect model) (https://genome.sph.umich.edu/wiki/METAL_Documentation)
- METASOFT (random-effect model) (http://genetics.cs.ucla.edu/meta/)
深入Meta-analysis的統計學原理
待續~
Meta-analysis實例，輸入輸出分別是什么？
參考下面的教程。
輸入就是不同study的summary statistics結果。
輸出也差不多，得到了P value-meta。
MarkerName Allele1 Allele2 Freq1 FreqSE Weight Zscore P-value Direction rs217377 t c 0.5930 0.0115 8027.00 0.863 0.388 -+++ rs4668077 a g 0.1420 0.0441 8027.00 -0.054 0.957 ---+ rs16855496 a g 0.9880 0.0000 4106.00 -0.092 0.9268 ???- rs217386 a g 0.4099 0.0672 8027.00 0.813 0.4162 ++++ rs2075070 a g 0.5314 0.0316 8027.00 -1.138 0.2552 ---+ rs10187002 a t 0.9890 0.0000 4106.00 0.099 0.9208 ???+ rs12785983 t c 0.2946 0.0218 8027.00 -1.165 0.2441 +---
Meta-analysis注意事項，模型選擇
需要咨詢一下老手，待續~
關於Meta的在不同場景下的意思
Meta的字面意思：Meta means about the thing itself. It's seeing the thing from a higher perspective instead of from within the thing, like being self-aware
Metadata is "data that provides information about other data"
在計算機里，meta就是描述數據的數據。
META是一種思想概念，一種抽象思維，用來描述數據的數據，比如有一張學生表，記錄着學生的基本信息，我們通過表可以獲取學生信息（數據），但是有時候也要得到表本身的信息數據（比如表結構信息：字段名稱，字段數據類型，長度等信息），對於這種基礎信息的描述，就會使用META的概念，使用META元數據來描述表本身。放到HTML中也是一樣的，HTML用來描述網頁信息，但是HTML自己也有一些信息（比如網頁標題，網頁描述，搜索關鍵字），這些信息也就稱之為HTML META信息，並且HTML也定義了專門的META標簽。
在醫學里，meta就是薈萃分析。
Meta分析是對具有相同目的且相互獨立的多個研究結果進行系統的綜合評價和定量分析的一種研究方法。它不僅僅是搜集很多以往的研究成果，同時進行全面系統的質量評價，另外還要對符合條件的研究進行定量分析。
在微生物里，宏基因組學（Metagenomics），又稱元基因組學。是以特定生境中的整個微生物群落作為研究對象，無需分離培養，直接提取環境樣本DNA進行測序，研究環境微生物的群落結構、物種分類、系統進化、基因功能及代謝網絡等，已廣泛應用於微生物領域。
參考：
METAL: fast and efficient meta-analysis of genomewide association scans - 知名工具
METAL Quick Start - 教程非常明了
Genomic Relationships, Novel Loci, and Pleiotropic Mechanisms across Eight Psychiatric Disorders - 最新cell，8種disorder
如何寫醫學META分析 - meta的起源
Interpreting Meta-Analyses of Genome-Wide Association Studies