dcm2nii的相關選項如下：
此處，一個example是：
dcm2niix.exe -f "outputfilename" -i y -l y -p y -x y -v y -z y -o "E:\datasets" "c:\DicomDir"其中，"E:\datasets"是輸入nii文件的目錄，"c:\DicomDir"是輸入dicom的目錄，"outputfilename" 是輸出nii.gz的文件名。
Python批處理
本部分介紹如何使用python進行批處理。
首先遍歷一個含有非常多個dicom序列的文件夾，然后將其的dicom文件的路徑保存到一個txt文件中，然后讀取txt中的文件路徑，在在for循環中調用dcm2niix進行格式的批處理。
分別執行下面兩段代碼：
首先，遍歷文件：
遍歷文件並保存為txt
# 當前目錄下所有文件夾下的文件名(不帶后綴)寫入對應txt文件(以文件夾命名)中 import os # 如果文件夾不存在創建文件夾 def Makedir(path): folder = os.path.exists(path) if (not folder): os.makedirs(path) # 利用os.listdir()、os.walk()獲取文件夾和文件名 def GetFileName(fileDir, outDir): list_name = [] Makedir(outDir) for dir in os.listdir(fileDir): # 獲取當前目錄下所有文件夾和文件(不帶后綴)的名稱 filePath = os.path.join(fileDir, dir) # 得到文件夾和文件的完整路徑 if os.path.isdir(filePath) and not (filePath == outDir): txt = outDir+"list.txt" # 獲取根目錄路徑、子目錄路徑，根目錄和子目錄下所有文件名 for root, subDir, files in os.walk(filePath): for subfilepath in subDir: f = open(txt, 'a') # 以追加方式打開文件 subfilepath = os.path.join(filePath, subfilepath) # 得到文件上層目錄 f.write(subfilepath+'\n') #此處增加了一個換行符，方便txt文件的查看，后面讀取的時候需要去掉換行符 f.close() def main(): print("procesiing……\n") fileDir = r"E:\datasets\LiverCT" # 輸入文件夾路徑 outDir = "E:\datasets\liver_ct_process_output\\" files = GetFileName(fileDir, outDir) print("done!\n") # 判斷是否是程序主入口而已，如果是程序主入口，則代碼塊執行，否則代碼塊不執行 # 主要用於別人調用此代碼時，不要進入該代碼的入口 if __name__ == "__main__": main()然后，讀取txt文件，進行批處理轉換，這里為了保護病人隱私，去掉了原文件的信息，使用以隨機產生的名字：
批處理
import sys #導入sys模塊 import os #from PIL import Image #PIL是python的第三方圖像處理庫 #dcm2niix.exe -f "outputname" -i y -m y -p y -x y -z y -b n -o "E:\datasets\liver_ct_process_output" "E:\datasets\LiverCT\庄健忠\20180105000198" # system command line d2n = 'dcm2niix.exe -f ' para = ' -i y -l y -p y -x y -v y -z y -o ' output_path = "E:\datasets\liver_ct_process_output" ###產生隨機命名 import random def ranstr(num): #dictionary H = 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghijklmnopqrstuvwxyz0123456789' salt = '' for i in range(num): salt += random.choice(H) return salt # read txt filepaths = [] for line in open("E:\datasets\liver_ct_process_output\list.txt", "r"): # 設置文件對象並讀取每一行文件 filepaths.append(line) # deal with format transform for filepath in filepaths: filepath = filepath[:-1] #去掉行位的換行符 outputname = "liver_ct_"+ ranstr(10) cmd = d2n + outputname + para +'\"'+ output_path +'\" ' + '\"'+ filepath +'\"' #其中的雙引號不可少 os.system(cmd) print("Congratulation, Done!")
處理好的文件，可以到你的輸出目錄中去查找，使用MRIcro打開即可