nii文件在python中的使用

NIFTI格式圖像

NIFTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）格式圖像是由一個包含頭文件元數據和一個包含二進制的圖像資料組成的文件。

讀取NIFTI格式圖像可以通過軟件ITK-SNAP打開

可以看到：ITK-SNAP獲得了分別來自三個角度的視圖（水平面、矢狀面、冠狀面）

使用Python讀取

2.1 simpleITK

import SimpleITK as sitk
from matplotlib import pyplot as plt


def showNii(img):
    for i in range(img.shape[0]):
        plt.imshow(img[i, :, :], cmap='gray')
        plt.show()


itk_img = sitk.ReadImage('./new_coronary.nii.gz')
img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
print(img.shape)  # (155, 240, 240) 表示各個維度的切片數量
showNii(img)

可以看到文件中包含的圖像信息

2.2 Nibabel

import matplotlib
matplotlib.use('TkAgg')
 
from matplotlib import pylab as plt
import nibabel as nib
from nibabel import nifti1
from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D
 
example_filename = './Brats18_2013_2_1_flair.nii.gz'
 
img = nib.load(example_filename)
print (img)
print (img.header['db_name'])   # 輸出頭信息

# 由文件本身維度確定，可能是3維，也可能是4維 
width,height,queue=img.dataobj.shape
 
OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()
 
num = 1
for i in range(0,queue,10):
 
    img_arr = img.dataobj[:,:,i]
    plt.subplot(5,4,num)
    plt.imshow(img_arr,cmap='gray')
    num +=1
 
plt.show()

也可看到文件中的圖像

操作與ITK-SNAP軟件類似