1.create_box 這個關鍵字看似簡單實則讓人難受。
①在寫這個關鍵字的時候切記:一一對應原則,即:
bond/types 對應 extra/bond/per/atom
angle/types 對應 extra/angle/per/atom
dihedral/types 對應 extra/dihedral/per/atom
improper/types 對應 extra/improper/per/atom
當第一列關鍵字被用到的時候,第二列緊隨其后加進來,不然就會報錯:Molecule auto special bond generation overflow (../molecule.cpp:1142)
②必寫關鍵字:extra/improper/per/atom
該關鍵字必須寫,否則報錯:同上。該關鍵字系數必須 >= 所建粒子(分子)中原子的個數
2.create_atoms 該關鍵字沒什么太難的,注意一點:
seed = random # seed 即正整數,並不是讓選擇random/seed (這個錯誤讓我尷尬)。
3. Tdamp、Pdamp 如何快速確定
一般 timestep×100 即為該值。
4. 混合勢函數書寫
書寫混合勢函數時,用pari_style hybrid 關鍵字,將要用到的勢函數全部列出即可,然后再pair_coeff 中定義勢函數。
某段勢函數值相同時:pair_coeff: pair_coeff 9*10 9*10 XXXX
所有勢函數值相同時:pair_coeff: pair_coeff * * XXX