1.create_box 这个关键字看似简单实则让人难受。
①在写这个关键字的时候切记:一一对应原则,即:
bond/types 对应 extra/bond/per/atom
angle/types 对应 extra/angle/per/atom
dihedral/types 对应 extra/dihedral/per/atom
improper/types 对应 extra/improper/per/atom
当第一列关键字被用到的时候,第二列紧随其后加进来,不然就会报错:Molecule auto special bond generation overflow (../molecule.cpp:1142)
②必写关键字:extra/improper/per/atom
该关键字必须写,否则报错:同上。该关键字系数必须 >= 所建粒子(分子)中原子的个数
2.create_atoms 该关键字没什么太难的,注意一点:
seed = random # seed 即正整数,并不是让选择random/seed (这个错误让我尴尬)。
3. Tdamp、Pdamp 如何快速确定
一般 timestep×100 即为该值。
4. 混合势函数书写
书写混合势函数时,用pari_style hybrid 关键字,将要用到的势函数全部列出即可,然后再pair_coeff 中定义势函数。
某段势函数值相同时:pair_coeff: pair_coeff 9*10 9*10 XXXX
所有势函数值相同时:pair_coeff: pair_coeff * * XXX