轉自：小木蟲 田淮安 的回答。
LAMMPS中的溫度是由原子的動能計算而來的，具體可參見手冊compute temp command一節的說明。
LAMMPS的模擬結果，我這里指的是dump命令得到的lammpstrj文件，主要內容都是每個時刻每個原子的信息，包括坐標、速度、動能、勢能等等（這些是由dump命令來設置的）。只要你的lammpstrj里面有動能數據，上面的圖就容易畫。
方法一：用OVITO導入lammpstrj，然后着色。
OVITO是一個專門對LAMMPS結果進行着色的軟件，google一下就能找到官網，免費的，LINUX和WINDOWS下都有相應的版本。着色原理是按每個原子的某一種屬性的值來配色，比如按原子的x值或者動能。操作很簡單。缺點是得到的圖是原子化的，基本單位是球，不是你想要的那種連續介質均勻分布的圖。比如下圖，就是石墨被C60轟擊后表面區域的溫度分布（側視圖），可以看到每個原子的溫度。
方法二：先將數據分道處理，然后畫contour圖
你貼的這種連續分布圖，就是常見的contour圖。你需要先把lammpstrj里的溫度從以原子為單位轉化到以空間為單位。假設你想畫x-y面的溫度分布，那么就把lammpstrj中的原子按位置填到x-y空間中的小格子里，求出每一個格子里的平均溫度，得到一個數據文件，應該有三列，（x,y,T），x,y是某一個小格子的中心坐標，T就是相應的溫度，然后用originpro、matlab等常用軟件畫contour圖就行了。下圖是我畫的石墨缺口處的原子密度contour圖，顏色深淺代表原子密度的高低；溫度也可以用同樣的方法得到。
抱歉，這幾天沒上小木蟲。
關於你的兩個問題：
1、怎么從LAMMPSTRJ文件中得到（x,y,T）的數據？
這個你寫點C++代碼，或者在LINUX下用腳本或VIM，對LAMMPSTRJ文件進行處理就行了，提取出你想要的那一個時刻的x,y,ke(指動能)這三列數據。這是最基本的數據處理，你如果沒做過可以找擅長C++/LINUX的人幫忙，非常簡單。
2、怎么用OVITO對原子動能進行着色？
前提是你載入的LAMMPSTRJ文件中有動能這一列，這需要你在in_file的dump命令中提前設置；如果你的LAMMPSTRJ文件中只有原子坐標，自然就只能對坐標着色。
已經含ke的話就比較簡單了：
（1）打開OVITO，載入文件；拉下右側菜單，點color coding，如下圖
（2）在下面的property中選擇你之前設置的動能數據。我的這個文件中，c_1代表動能，就選擇c_1，如下圖；
（3）可以調節動能值的范圍，如下圖；
（4）也可以在選擇顏色種類，比如我把彩虹色改為熱色，如下圖；
。
問：現在我載入的LAMMPS輸出文件中，還沒有像你這樣的C_1的動能值，請問您在in文件中如何設置，使它出現，我用的thermo_style中包含了ke、pe，但載入時還是沒有能量的選項，求賜教
答：thermo_style中的ke是所有原子的總動能，是全局變量（global），LAMMPS會自動計算；
你想得到的是每個原子的動能，是原子變量（atomic），需要你在in文件中先用compute命令計算，然后在dump一行中引用compute的編號。
比如，我計算原子動能的命令是
compute 1 all ke/atom，意思是計算每個原子的動能，計算名稱為1（這個名稱可以是數字，也可以是字符串，隨個人風格）。
而我的dump命令是
dump 1 all custom 1000 filename.lammpstrj id type x y z c_1，意思就是每隔1000步輸出每個原子的編號(id)、類型(type)、三維坐標(x,y,z)和動能(c_1)。"c_1"這種格式是LAMMPS定義的，表示名稱為1的計算的結果。類似的還有v_name，表示用戶定義的名稱為name的變量。
細節可以在手冊的compute、dump等命令中找到。建議你多讀手冊。這些東西手冊里講得很清楚。
希望對你有幫助