Intel 2019 編譯器安裝運行Lammps-3Mar20

1.LAMMPS簡介

LAMMPS由美國Sandia國家實驗室開發，以GPL license發布，即開放源代碼且可以免費獲取使用，這意味着使用者可以根據自己的需要自行修改源代碼。LAMMPS可以支持包括氣態，液態或者固態相形態下、各種系綜下、百萬級的原子分子體系，並提供支持多種勢函數，並且LAMMPS有良好的並行擴展性，適合大型HPC集群下的並行運行。

2.安裝環境需求

1、硬件環境：X86架構服務器

2、操作系統環境：Redhat，Centos，SUSE，Ubuntu等常用linux系統

3、Intel開發套件版本：parallel_studio_xe_2019_update5

4、安裝用戶：root用戶，安裝到/opt/software下

5、本次測試系統：CentOS7.6x64

3.軟件介質

1、 介質文件lammps-stable.tar.gz

2、 軟件版本lammps-3Mar20

4.軟件安裝步驟

4.1編譯環境設置

我們使用intel編譯器編譯lammps，使用intel MPI運行lammps

intel編譯器的安裝和設置步驟詳見文章《Intel Parallel Studio XE 2019安裝設置》一文

運行如下命令設置好編譯環境

source /opt/intel/intel2019u5.sh

 

4.2下載並解壓軟件

下載軟件

wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz

復制軟件到/opt/software目錄

cp lammps-stable.tar.gz /opt/software

解壓

tar xvf lammps-stable.tar.gz

得到lammps的目錄

/opt/software/lammps-3Mar20/

4.3安裝編譯lammps

進入lammps安裝目錄

cd /opt/software/lammps-3Mar20/src

查看所有package

make package-status

選擇需要安裝的package

比如

make yes-peri
make yes-manybody

編譯

make clean-all
make -j 10 intel_cpu_intelmpi

編譯成功后，在當前目錄生成可執行文件lmp_intel_cpu_intelmpi

 

 如果選擇安裝所有package

make yes-all

注意：有些軟件包由於依賴關系，無法安裝，可以選擇去掉，如下是我測試時，選擇yes-all后需要去掉的包

make no-USER-QUIP
make no-user-h5md
make no-user-plumed
make no-mscg
make no-message
make no-latte
make no-kim
make no-gpu
make no-user-smd
make no-python
make no-user-vtk
make no-USER-ADIOS
make no-USER-SCAFACOS
make no-voronoi
make no-USER-AWPMD
make no-USER-ATC

5.lammps並行測試

運行軟件時需要用普通用戶，如下操作用jingyang用戶測試

1、 設置算例

從examples里復制一個lammps算例文件測試到用戶家目錄里並改成lammps_test目錄

cp -r /opt/software/lammps-3Mar20/examples/shear ~/lammps_test

設置好intel環境變量

source /opt/intel/intel2019u5.sh

進入測試目錄

cd ~/lammps_test

2、單節點內並行測試

mpirun -np 20 / opt/software /lammps-3Mar20/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < in.shear

3、多節點並行測試（前提配置好集群環境）

編輯host文件，內容如下

node01
node02

運行

mpirun -machinefile host -np 40 /home/inspur/lammps-3Mar20/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < in.shear

 6.lammps軟件PBS腳本例子

#PBS -N test-lammps
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=2:ppn=20
#PBS -S /bin/bash
#PBS -V
cd $PBS_O_WORKDIR
source /opt/intel/intel2019u5.sh
INPUT_FILE=PdP.in
NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$$ | wc -l`
cat $PBS_NODEFILE > /tmp/nodefile.$$
mpirun -machinefile /tmp/nodefile.$$ -n $NP /opt/software/lammps-3Mar20/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < ${INPUT_FILE} >out.log
rm -rf /tmp/nodefile.$$
rm -rf /tmp/nodes.$$