Intel 2019 编译器安装运行Lammps-3Mar20

1.LAMMPS简介

LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，以GPL license发布，即开放源代码且可以免费获取使用，这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代码。LAMMPS可以支持包括气态，液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系，并提供支持多种势函数，并且LAMMPS有良好的并行扩展性，适合大型HPC集群下的并行运行。

2.安装环境需求

1、硬件环境：X86架构服务器

2、操作系统环境：Redhat，Centos，SUSE，Ubuntu等常用linux系统

3、Intel开发套件版本：parallel_studio_xe_2019_update5

4、安装用户：root用户，安装到/opt/software下

5、本次测试系统：CentOS7.6x64

3.软件介质

1、 介质文件lammps-stable.tar.gz

2、 软件版本lammps-3Mar20

4.软件安装步骤

4.1编译环境设置

我们使用intel编译器编译lammps，使用intel MPI运行lammps

intel编译器的安装和设置步骤详见文章《Intel Parallel Studio XE 2019安装设置》一文

运行如下命令设置好编译环境

source /opt/intel/intel2019u5.sh

 

4.2下载并解压软件

下载软件

wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz

复制软件到/opt/software目录

cp lammps-stable.tar.gz /opt/software

解压

tar xvf lammps-stable.tar.gz

得到lammps的目录

/opt/software/lammps-3Mar20/

4.3安装编译lammps

进入lammps安装目录

cd /opt/software/lammps-3Mar20/src

查看所有package

make package-status

选择需要安装的package

比如

make yes-peri
make yes-manybody

编译

make clean-all
make -j 10 intel_cpu_intelmpi

编译成功后，在当前目录生成可执行文件lmp_intel_cpu_intelmpi

 

 如果选择安装所有package

make yes-all

注意：有些软件包由于依赖关系，无法安装，可以选择去掉，如下是我测试时，选择yes-all后需要去掉的包

make no-USER-QUIP
make no-user-h5md
make no-user-plumed
make no-mscg
make no-message
make no-latte
make no-kim
make no-gpu
make no-user-smd
make no-python
make no-user-vtk
make no-USER-ADIOS
make no-USER-SCAFACOS
make no-voronoi
make no-USER-AWPMD
make no-USER-ATC

5.lammps并行测试

运行软件时需要用普通用户，如下操作用jingyang用户测试

1、 设置算例

从examples里复制一个lammps算例文件测试到用户家目录里并改成lammps_test目录

cp -r /opt/software/lammps-3Mar20/examples/shear ~/lammps_test

设置好intel环境变量

source /opt/intel/intel2019u5.sh

进入测试目录

cd ~/lammps_test

2、单节点内并行测试

mpirun -np 20 / opt/software /lammps-3Mar20/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < in.shear

3、多节点并行测试（前提配置好集群环境）

编辑host文件，内容如下

node01
node02

运行

mpirun -machinefile host -np 40 /home/inspur/lammps-3Mar20/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < in.shear

 6.lammps软件PBS脚本例子

#PBS -N test-lammps
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=2:ppn=20
#PBS -S /bin/bash
#PBS -V
cd $PBS_O_WORKDIR
source /opt/intel/intel2019u5.sh
INPUT_FILE=PdP.in
NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$$ | wc -l`
cat $PBS_NODEFILE > /tmp/nodefile.$$
mpirun -machinefile /tmp/nodefile.$$ -n $NP /opt/software/lammps-3Mar20/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < ${INPUT_FILE} >out.log
rm -rf /tmp/nodefile.$$
rm -rf /tmp/nodes.$$