KDD MIMIC-IV與MIMIC-III的區別


MIMIC-IV

Pytorch數據處理和訓練模板

MIMIC-IV將MIMIC-III的數據表模塊化划分,反應各個模塊的數據的獨立性和不同本質。包含2008年至2018年(MIMIC-III:2001年至2012年)之間進入重症監護病房的數據,增加了急救中心和胸部x光片數據。

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模塊化

  • core - admissions/patients/transfers 醫院級別的病人軌跡數據
  • hosp - diagnoses_icd / drgcodes / emar / emar_detail / hcpcsevents / labevents / microbiologyevents / procedures_icd 醫院級別的數據:化驗,微型,電子醫葯管理
  • icu - icustays / d_items / chartevents / datetimeevents / inputevents / outputevents / procedureevents ICU級別數據:一些events數據表
  • ed - main / medrecon / pyxis / triage / vitalsign / (TBD): vitalsign_hl7 急救中心數據(新增)
  • cxr - 胸部x光片數據 (新增)

表的變化

core data

patient

增加入院年份和年齡信息

Name Postgres data type 說明
subject_id INTEGER 病人編號
gender VARCHAR(1) 性別
anchor_age INTEGER 入院時年齡
anchor_year INTEGER 入院年份
anchor_year_group VARCHAR(255) 入院年份范圍
dod TIMESTAMP(0) 死亡時間 TIMESTAMP or NULL

ED data

新增急救中心數據,MIMIC-ED,包括200,000個患者以上的數據,約有百分65的患者在進入ICU前有急救中心數據記錄。

main

主表是急診科就診的主要跟蹤表。它提供了病人進入急診室和離開急診室的時間。它還提供一組為患者指定的診斷。

MEDRECON

急診科入院時,工作人員會詢問患者目前正在服用哪些葯物。這個過程被稱為葯物調節,MEDRECON表存儲護理提供者的發現。

PYXIS表

提供通過PYXIS系統進行的葯物管理的信息。

Chest x-ray data

新增胸部x光片數據,MIMIC-CXR

Name Postgres data type 說明
subject_id INTEGER NOT NULL 患者編號
study_id INTEGER NOT NULL 針對片子所寫的報告編號
dicom_id TEXT NOT NULL 片子編號

TRIAGE

“分診表”包含患者首次在急診科接受分診時的相關信息。患者在分診時由一個護理提供者進行評估,並詢問一系列問題以評估其當前的健康狀況。他們的生命體征被測量,並被指定一個級別的敏銳度。根據嚴重程度,患者要么在候診室等待稍后的治療,要么優先考慮立即治療。

VITALSIGN

急診科入院的患者每1-4小時都要進行常規生命體征檢查。這些生命體征存儲在VITALSIGN表中。

VITALSIGN_HL7

遙測數據

Hospital data

增加表,參考值范圍,樣本編號,優先級

MICROBIOLOGYEVENTS

增加測試內容的名稱

EMAR

電子醫葯管理記錄系統,electronic Medicine Administration Record (eMAR) system, 記錄葯品條形碼

Name Postgres data type 說明
subject_id INTEGER NOT NULL 患者編號
hadm_id INTEGER NOT NULL 病案號
emar_id VARCHAR(100) NOT NULL 電子醫葯管理記錄編號 emar_id = ‘subject_id-emar_seq’.
emar_seq INTEGER NOT NULL 按時間遞增的連續整數
poe_id VARCHAR(25) NOT NULL Provider order entry (POE) 編號
pharmacy_id VARCHAR(25) NOT NULL 葯房信息
charttime TIMESTAMP NOT NULL 操作時間
medication TEXT 葯品名稱
event_txt TEXT 操作狀態 ‘Administered’, ‘Applied’, ‘Confirmed’, ‘Delayed’, ‘Not Given’..
scheduletime TIMESTAMP 計划時間
storetime TIMESTAMP NOT NULL 存儲時間

EMAR_DETAIL

Name Postgres data type 說明
subject_id INTEGER NOT NULL -
emar_id VARCHAR(25) NOT NULL -
emar_seq INTEGER NOT NULL -
parent_field_ordinal NUMERIC(5, 3) 同一eMar事件的多次給葯。例如,全劑量的多個處方劑量。由於eMAR要求給葯提供者掃描提供給患者的每個處方集的條形碼,因此通常情況下,eMAR_detail中的多行對應於eMAR中的一行。如果有N個處方劑量,則該字段序數將取值“1.1”、“1.2”、…、“1.N”
administration_types VARCHAR(50) 操作類型 ‘IV Bolus’, ‘IV Infusion’, ‘Medication Infusion’, ‘Transdermal Patch’
pharmacy_id INTEGER pharmacy 表中的編號
barcode_type VARCHAR(4) 條形碼類型
Reason_for_No_Barcode TEXT -
Complete_Dose_Not_Given VARCHAR(5) -
Dose_Due VARCHAR(50) -
Dose_Due_Unit VARCHAR(50) -
Dose_Given VARCHAR(255) -
Dose_Given_Unit VARCHAR(50) -
will_remainder_of_dose_be_given VARCHAR(5) -
Product_Amount_Given VARCHAR(30) -
Product_Unit VARCHAR(30) -
Product_Code VARCHAR(30) -
Product_Description VARCHAR(255) -
Product_Description_Other VARCHAR(255) -
Prior_Infusion_Rate VARCHAR(20) -
Infusion_Rate VARCHAR(20) -
Infusion_Rate_Adjustment VARCHAR(50) -
Infusion_Rate_Adjustment_Amount VARCHAR(30) -
Infusion_Rate_Units VARCHAR(30) -
Route VARCHAR(5) -
Infusion_Complete VARCHAR(255) -
Completion_Interval VARCHAR(30) -
New_IV_Bag_Hung VARCHAR(1) -
Continued_infusion_in_other_location VARCHAR(1) -
Restart_Interval VARCHAR(30) -
Side VARCHAR(10) -
Site VARCHAR(255) -
non_formulary_visual_verification VARCHAR(1) -

POE

提供者醫囑輸入(POE)是醫院護理提供者下單的通用接口。大多數治療和程序必須通過POE下單。

INPUTEVENTS

只有MetaVision數據,並將成分存儲在數據表中,“水”是大多數輸入的一個組成部分,將患者接受的水量制成表格,可以准確估計患者的液體攝入量。


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