光場顯微成像----整理


光場概念:

空間中所有光線光輻射函數的總體,采集並顯示光場就能在視覺上重現真實。全光函數(plenoptic function)是描述光場的數學模型。全光函數:F(x, y, z, θ, Φ, λ, t),(x,y,z)表示觀察者人眼的三維空間位置坐標,( θ, Φ)表示光線進入觀察者人眼的角度,λ為光的波長,t為時間。

簡化的四維光場:

如果一條光線與兩個平行平面(u, v)和(s, t)各有一個交點,則該光線可以用這兩個交點唯一表示。

 

傳統光學顯微鏡的局限:

景深較淺,想實現物體的三維重建需要進行層析掃描,該過程較慢,因此無法對快速動態過程進行實時成像(例如神經活動、細胞活動、線蟲等生物行為),還可能導致光漂白和光毒性。

光場顯微成像的優勢:

具有快速、實時的三維成像能力,可以從一張光場照片中重建樣本的三維信息,實現“一次成像,三維重建”。

結合計算成像的相關算法進行后期處理,光場顯微給予了非拍攝者操縱光線、視角、聚焦位置的能力。

 光場顯微成像的缺點:

空間分辨率和角度分辨率的折衷,為了獲得角度分辨率,犧牲了一定程度的空間分辨率。但目前已有提升空間分辨率的解決方案。

光場顯微成像的基本原理:

在成像端的native image plane上放置微透鏡陣列,則sensor plane上接收到傅里葉域的頻率信息,每個微透鏡后覆蓋N*N pixel,每個pixel接收不同的頻率/角度分量。每個微透鏡采集不同的空間信息,每個微透鏡后的各個像素采集不同的角度/頻率信息,因此可以捕獲四維光場,基於四維光場數據,可以在一次曝光下,利用解卷積實現三維重建。

空間分辨率取決於:微透鏡的數量

角度分辨率取決於:每個微透鏡后覆蓋的像素數

 

 

 

 

 

 

 

 點擴散函數(point spread function, PSF):

可以理解為樣本的單個體素(voxel)在sensor上的投影圖案,成像結果就是樣本和PSF的卷積。對於經典的光場顯微成像,PSF是不均勻的,尺寸等於傳感器的尺寸。

解卷積和三維重建:

經典算法Richardson-Lucy 迭代算法。

相空間光場三維重建:

相空間光場在硬件上和重建算法上和經典的光場顯微成像沒有區別,主要區別在於,經典的光場重建使用的是不均勻的PSF,同時利用了不同頻率的信息,進行解卷積重建;而相空間光場,首先對像素進行“重排”,將各個頻率分量分開,分別利用各頻率分量進行三維重建。對於相空間光場,PSF均勻(對於樣本上軸向坐標相同的點(z相同),PSF是相同的),因此重建需要的計算資源更少、重建更快、偽影更小。

 最新發展:

 

 

 應用領域:

神經生物學、細胞生物學、生物發育過程監測、線蟲和果蠅等行為監測。

主要是需要三維、快速成像的場合。

 

參考資料:

1.https://mp.weixin.qq.com/s/wn72KbfTwc4MzNxoOjSBKA

2.https://mp.weixin.qq.com/s/CQ5bwTXj_XXdBNg07pBiqg

3.Broxton M, Grosenick L, Yang S, et al. Wave optics theory and 3-D deconvolution for the light field microscope[J]. Optics express, 2013, 21(21): 25418-25439.

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