Plink 估計標間LD情況及其結果文件處理

遺傳學研究中，標記間的變異連鎖不平衡程度直接影響Mapping的精確度，剖析相關群體中標記間LD情況可直接估計Mapping精度，具體的計算如下：

plink --bfile chr3 --ld-window 99999 --ld-window-kb 5000 --r2 --ld-window-r2 0.85 --out chr3

 

--bfile:  讀取的基因型Bim文件

--ld-window 99999 : 表達結果文件中輸出變異最大數量

--ld-window-kb 5000：計算一個位點周邊5Mb范圍點的LD

--ld-window-r2 0.85： 保留r2> 0.85的標記

 

R語言處理結果文件函數推薦：library(data.table):加速文件讀取速度；tapply：執行矩陣化運算。

 

具有其他詳情可一起交流

 

Bill Zhang