利用plink軟件基於LD信息過濾SNP
最近有需求，對WGS測序獲得SNP信息進行篩減，可問題是測序個體少，call rate，maf，hwe，等條件過濾后，snp數量還是千萬級別，所以后面利用plink工具根據LD信息來濾除大量SNP標記。 工具版本：PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一、格式 ...
原文：Plink 估計標間LD情況及其結果文件處理
遺傳學研究中，標記間的變異連鎖不平衡程度直接影響Mapping的精確度，剖析相關群體中標記間LD情況可直接估計Mapping精度，具體的計算如下： plink bfile chr ld window ld window kb r ld window r . out chr bfile: 讀取的基因型Bim文件 ld window : 表達結果文件中輸出變異最大數量 ld window kb ：計算 ...
2020-05-25 08:53 2 554 推薦指數：
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