Plink 估计标间LD情况及其结果文件处理

遗传学研究中，标记间的变异连锁不平衡程度直接影响Mapping的精确度，剖析相关群体中标记间LD情况可直接估计Mapping精度，具体的计算如下：

plink --bfile chr3 --ld-window 99999 --ld-window-kb 5000 --r2 --ld-window-r2 0.85 --out chr3

 

--bfile:  读取的基因型Bim文件

--ld-window 99999 : 表达结果文件中输出变异最大数量

--ld-window-kb 5000：计算一个位点周边5Mb范围点的LD

--ld-window-r2 0.85： 保留r2> 0.85的标记

 

R语言处理结果文件函数推荐：library(data.table):加速文件读取速度；tapply：执行矩阵化运算。

 

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Bill Zhang