利用plink软件基于LD信息过滤SNP
最近有需求，对WGS测序获得SNP信息进行筛减，可问题是测序个体少，call rate，maf，hwe，等条件过滤后，snp数量还是千万级别，所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记。 工具版本：PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一、格式 ...
原文：Plink 估计标间LD情况及其结果文件处理
遗传学研究中，标记间的变异连锁不平衡程度直接影响Mapping的精确度，剖析相关群体中标记间LD情况可直接估计Mapping精度，具体的计算如下： plink bfile chr ld window ld window kb r ld window r . out chr bfile: 读取的基因型Bim文件 ld window : 表达结果文件中输出变异最大数量 ld window kb ：计算 ...
2020-05-25 08:53 2 554 推荐指数：
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